Le zircon contient fréquemment des impuretés et divers corps ou minéraux sous forme d'inclusions. La forme oxyde théorique du zircon est composée de 67,1 % ZrO2 et de 32,9 % de SiO2. D'après Rösler (1991) elle peut, dans certains cas extrêmes, contenir jusqu'à 30 % d'oxyde d'Hafnium (HfO2), 12 % d'oxyde de Thorium (ThO2) ou 1,5 % d'oxyde d'Uranium (UO2). La densité monte corrélativement à 4,3–4,8 g·cm-3. Les zircons des granites contiennent presque toujours U et Th en remplacement isomorphique de Zr et la détermination des rapports Th/U ou Pb/U sert à déterminer l’âge des granites, ce groupe est donc très important en géologie. La thorite et l’uranothorite sont facilement hydratées sans que cela détruise la structure, on a :
Avec le développement de la radiochronologie, les zircons jouent un rôle particulièrement important dans la géochronologie.
La forme silicatée du zircon est d'importance capitale pour la datation absolue. La méthode de datation absolue exige que des isotopes radioactifs en cours de désintégration soient contenus à l'intérieur des roches. Le zircon, lorsqu'il est soumis à des températures et pressions extrêmes, ne change pas de phase. Il est pratiquement inaltérable sauf par la radioactivité qui provoque un état métamicte (état désordonné dans un cristal avec changement éventuel de couleur et altération jusqu’à apparition d’un état amorphe). Cela a l'avantage de faire en sorte que le zircon possède la même structure qu'à sa création. De plus, la substitution de ses atomes de zirconium par des atomes d'uranium (U) est fréquente, ce qui n'est pas le cas avec la plupart des autres éléments. C’est un minéral rare dans les laves et les tufs mais relativement fréquent dans les granites, les gneiss, les pegmatites souvent en inclusions dans la biotite contenue dans ces roches . On peut le trouver, parfois très abondant dans des syénites.
Les zircons contiennent à l'état de trace des isotopes radioactifs qui présentent l'avantage de posséder une demi-vie très longue soit d'235U (703.8 millions d'années), d'238U (4,5 milliards d'années), 232Th (14,05 milliards d'années). Ces isotopes représentent de 10 ppm à 5 % en poids. Ils se désintègrent selon des périodes précises en différents isotopes du plomb. La proportion uranium-plomb ou thorium-plomb permet d'estimer l'âge d'un cristal de zircon et par là même souvent l'âge de la roche qui le contient.
Les zircons sont réfractaires aux altérations les plus sévères et aux agressions géologiques telles l'attrition, et cette caractéristique laisse son empreinte sur la matrice rocheuse support.
Les plus anciennes roches terrestres trouvées à la surface du globe ont été datées par les zircons qu'elles contiennent. On les trouve dans la formation Narryer Gneiss Terrane du craton Yilgarn, en Australie occidentale, avec un âge estimé à 4,404 milliards d'années. Cet âge est interprété comme celui de la formation du zircon en question.
De formule générale XSiO4 ou X 4+ peut être Zr 4+ de diamètre 0,79 Å ou Th 4+ de diamètre 1,02 ou encore U 4+ de diamètre 0,97. Quadratique, une maille contient 4 molécules. L'édifice cristallin de nombreux zircons est localement détruit par l'action de rayons de haute énergie (état dit « métamicte ») : ces cristaux exhibent généralement une couleur brun sombre. À l'état métamicte, de l'eau peut être absorbée par la matrice, avec pour conséquence un effondrement caractéristique de la densité et de la dureté de la roche (voyez la table).