La FJR gagne de nombreuses parts de marché dans les administrations qui sont séduites par les performances du moteur et surtout par les tarifs proposés par Yamaha par rapport au leader de ce marché, BMW.
La première refonte de la FJR intervient en 2003 : elle se voit équipée en option d'un ABS et de disques avant plus grand (sur le modèle ABS), d'un transpondeur anti-vol, d'une boîte de rangement dans la partie gauche de la tête de fourche. Le dessin du carénage évolue un peu avec l'intégration des clignotants avant et de nouveaux coloris.
En 2006, deuxième refonte plus poussée du modèle. La FJR standard se voit rejointe par une version appelée AS. La principale évolution concerne l'adoption d'un embrayage électronique YCC-S (Yamaha Chip Controlled Shift). Le levier et supprimé et le changement de rapport se fait, soit au moyen d'une gâchette au commodo gauche, soit classiquement avec le sélecteur. Ce système apporte une souplesse d'utilisation, mais alourdit la moto de 4 kg. Le dessin du carénage évolue de façon significative ainsi que les coloris : les rétroviseurs deviennent plus imposants mais sont dorénavant de la couleur du carénage. La partie arrière n'est pas en reste, selle et dessin du carénage changent pour un look plus agressif. Le tableau de bord change complètement.
Côté protection, le dessin et la cinématique de la bulle évoluent afin de réduire les bruits aérodynamiques et la poussée dans le dos. Les valises et l'ABS deviennent de série.
Enfin, l'ABS est épaulé par le système UBS (Unified Brake System). Ce système UBS est un freinage couplé géré par la centrale de freinage. Lors de l'appui sur la pédale de frein, jusqu'à une pression de l'ordre de 30 %, seule la roue arrière est freinée, les plaquettes à l'avant sont approchées des disques pour préparer le freinage. Au-delà de 30 %, les plaquettes exercent une pression sur les disques avant. Ce procédé permet de bien asseoir la moto en limitant le transfert des masses lors des freinages.
Depuis le millésime 2007, sur les deux versions, les poignées chauffantes sont de série. Il n'y a aucune évolution significative entre les modèles 2006 et 2007. Les coloris bicolores se généralisent et apportent un look plus typé sport à la machine.
À noter que fin 2006, de nombreuses FJR (ainsi que d'autres modèles à injection de Yamaha) ont été rappelées par les importateurs européens, afin de procéder à l'échange d'un capteur défaillant (capteur TPS).
En 2008 des évolutions sont apportées. La commande de rampe d'injection et le calculateur sont nouveau pour plus de souplesse à bas régime. Côté freinage, c'est un nouvel ABS qui est installé. Ce dernier ne fonctionne plus uniquement en mode ON/OFF mais comporte en plus un état qui maintient la pression dans le circuit freinage. La bulle, est de son côté plus résistante aux rayures que sur le modèle 2007.