Un monument, le TWA Flight 800 International Memorial, a été construit face à la mer en juillet 2004 sur une parcelle de deux acres dans le Smith Point County Park, à Shirley sur Long Island, non loin du lieu de l'accident, grâce à des fonds levés par l'association des familles du vol TWA 800. Il comprend les 14 drapeaux correspondant aux différentes nationalités des victimes et une grande dalle incurvée de granit noir avec le nom gravé des 230 victimes et de l'autre côté, une gravure représentant une vague relâchant 230 mouettes dans le ciel. En juillet 2006, a été ajoutée une sculpture de 3 mètres, stylisant un phare, œuvre de Harry Edward Seaman qui a perdu un cousin dans l'accident. Ce phare se trouve sur un tombeau renfermant des affaires personnelles des victimes.
Un certain nombre de personnes ou d'associations n'ont pas été convaincues par les résultats de l'enquête officielle, et ont décidé de réaliser leur propre analyse. La conclusion la plus fréquente est l'abattage de l'avion par un missile, lancé suite à un acte terroriste ou à une erreur de cible d'un navire de l'US Navy en exercice dans la zone.
L'International Association of Machinists and Aerospace Workers (IAMAW), en français "Association internationale des mécaniciens et autres personnels de l'aviation" est un syndicat. L'association proposa son expertise technique auprès du FBI et du procureur de New York. La proposition fut sèchement refusée, au point que l'IAMAW note, au point 5 de l'introduction de son rapport, que « Nous fûmes considérés comme un élément criminel potentiel. [...] Les menaces reçues les deux premières semaines de l'enquête furent injustifiées, et sont inoubliables. »
Les conclusions du rapport de l'IAMAW ne sont pas en concordance avec celles du NTSB. Voici la traduction de ces conclusions (dont la version originale est à la page 9 du rapport) :
L'Associated Retired Aviation Professional (ARAP), en français "Association des professionnels retraités de l'aviation", a été créée en 1997 dans l'objectif d'effectuer une analyse indépendante de l'écrasement du vol TWA 800. Elle est composée d'anciens officiers supérieurs et de pilotes de l'aviation civile.
Son rapport, encore provisoire, défend l'hypothèse d'une destruction de l'avion par un missile, probablement de type sol-air, et donc probablement d'origine criminelle. Le commandant William S. Donaldson, officier de Marine à la retraite, qui mena une enquête indépendante [1], n’est pas d’accord avec la théorie officielle. Selon le commandant Donaldson « les grands jets de transport, construits par l’industrie aéronautique, ont accumulé au moins l’équivalent de cent cinquante mille années de vol. Il n’y a jamais eu une seule explosion des réservoirs de carburant au cours de ces vols. » (lettre à la NTSB etc.)
De nombreux témoignages ont été compilés à partir d’articles de journaux, de photos des points d’impact des missiles et de communications apparues sur Internet, par un enquêteur privé, Michael Hull, en collaboration avec le commandant Donaldson, lequel pense que le vol TWA 800 fut abattu par une attaque terroriste [2]. Des documents audio ont été obtenus des témoins Goss et Dougherty, dans lesquels ils décrivent comment l’un des missiles changea violemment de direction. Ces témoignages ont été utilisés pour trianguler les points de départ de deux missiles, en accord avec les données du radar. Hull et Donaldson s’accordent pour dire que le réservoir de l’aile centrale explosa à peu près à 8 000 pieds (2 438 mètres), environ 24 secondes après que l’avion a été décapité par un missile à 13 000 pieds (4 000 mètres) d’altitude.
Suite à l’attaque du vol TWA 800, Hull a acquis la conviction d'avoir la preuve [3] d'une similitude concernant un missile lancé sur un avion près de Long Island en novembre 1996, dans un incident semblable à celui du vol TWA 800. Le vol TWA 884 (de New York à Tel-Aviv) fut détourné à temps de la région problématique. En mars 1997, au moins trois avions partant de Newark et de LaGuardia ont observé un missile lancé dans leur voisinage. Deux incidents semblables ont eu lieu dans l’espace aérien de New York concernant des vols de Swissair. Ceux-ci ont précédé l’accident catastrophique du vol Swissair 111 à l’occasion du dixième anniversaire de l'explosion du vol 103 de Pan Am Airlines. Hull a assemblé des transcriptions et des documents audio de la FAA concernant ces incidents, et obtenus des dossiers grâce au Freedom of Information Act. Le fait que des missiles aient été lancés dans l’espace aérien de la ville de New York est pour lui une preuve circonstancielle clé démontrant que l’attaque du vol TWA 800 a été une entreprise terroriste formentée par un État. [4].
Le major Fred Meyer dit avoir vu abattre le TWA 800 alors qu’il pilotait l’un des premiers hélicoptères à être sur les lieux de la catastrophe. Dans un discours donné à la Granada Forum le 12 mars 1998 [5], Le major Meyer déclara : « Lorsque que l’on pilote un hélicoptère à 120 nœuds sur le Vietnam du Nord, dans le triangle de fer - la zone aérienne la mieux défendue de toute l’histoire des conflits armés -, on voit beaucoup de missiles, on voit beaucoup de DCA - et j’en ai vu beaucoup -, je sais à quoi cela ressemble. Le but de ma présence ici ce soir est de vous dire que ce que j’ai vu exploser dans le ciel le 17 juillet 1996 était de la munition militaire. Nous sommes ici pour déclarer qu’il ne s’agit pas d’un accident - quelqu’un a abattu cet avion. »
La Flight 800 Independent Researchers Organization (FIRO), en français "Organisation des enquêteurs indépendants concernant le vol TWA 800", a été créée par un groupe de citoyens américains en avril 1999. Certains de ses membres sont des professionnels de l'aviation, d'autres sont ingénieurs, scientifiques ou même enquêteurs spécialisés dans les écrasements d'avion.
Elle lança une pétition auprès de la NTSB pour que celle-ci ré-étudie le dossier du vol TWA 800, en prenant en compte notamment les témoignages visuels recueillis par le FBI et non communiqués au NTSB, en violation du Titre 49 de la loi fédérale de régulation.
Cette organisation met en avant l'existence de tracés radar montrant le déplacement, aux abords du vol TWA 800, d'un objet volant à la vitesse de mach 2. Elle met également en avant les 260 témoins visuels ayant aperçu une trace lumineuse incandescente, et notamment les 94 personnes affirmant que la trajectoire de cette trace partait du sol. À partir de la base de données des lieux de récupération des débris, l'organisation remet en cause les vidéos de simulation du FBI scénarisant l'écrasement en fonction de l'hypothèse émise par la NTSB.
L'organisation conclut que la cause la plus probable de l'écrasement du vol TWA 800 serait l'explosion d'un missile « surface-air » sur ou à proximité de l'avion.
L'Association française AAVAT a remis en 2001 à certaines familles le seul rapport fait par un expert indépendant français, désigné par l'avocat de ces dernières. La question principale étant de demander comment un B747 série 100 ayant à l'origine 3 hublots au pont supérieur, peut lors de la reconstruction être présenté avec 9 hublots sur ce même pont supérieur ? Pourquoi le FBI a recherché dès les premières heures après l'accident les traces d'un missile (documents officiels à l'appui). Cet investigateur faisait partie du groupe FIRO, une conférence de presse a d'ailleurs eu lieu à Paris en présence de Tom Stalcup, Christina Borgeson, Patricia Ohmera.