Les vacuoles contractiles sont présentes chez certains Eucaryotes unicellulaires (anciennement appelés Protozoaires) vivant en eau douce. Ces vacuoles permettent d'évacuer l'eau en excès dans le cytoplasme mais également la locomotion par contraction antiphasique.
La vacuole de phagocytose se rencontre chez les unicellulaires se nourrissant par invagination de la membrane plasmiqueautour d'une proie. Ce type de vacuole entre en coalescence avec des lysosomes, et, après digestion s'ouvre à l'extérieur, rejetant les éléments non digérés.