Comme les autres espèces de vautours et d'urubus, il joue un rôle important dans l’écosystème en éliminant les carcasses qui pourraient véhiculer des maladies.
L’Urubu à tête rouge est parfois accusé par les propriétaires de ranch de véhiculer sur ses pattes et son bec deux maladies pouvant affecter le bétail, soit le charbon, soit la peste porcine. En conséquence, il est souvent perçu comme une menace. Par contre, il a été démontré que le virus de la peste porcine est détruit lorsqu’il passe à travers le système digestif de l’Urubu à tête rouge.
Les fèces très acides de l’Urubu à tête rouge et des autres espèces d’urubus peuvent affecter ou tuer des arbres et d'autres végétaux.
Il s’agit de l’espèce d’urubus la plus abondante de l’Amérique. Sa population globale est estimée à 5 000 000 d’individus.
Autour des grandes villes d’Amérique du Sud, le nombre d’Urubus à tête rouge a considérablement augmenté ces dernières années.
Cette espèce peut être perçue comme une menace pour les propriétaires de ranch puisque les individus sont souvent associés à l’Urubu noir, qui a tendance à attaquer et à tuer les bovins nouveau-nés. L’Urubu à tête rouge ne tue pas les animaux, mais se joint aux groupes d'Urubus noirs et se nourrit des restes laissés par ceux-ci. Ainsi, l’observer à un endroit où un veau a été tué donne l’impression incorrecte que l’Urubu à tête rouge constitue une menace pour le bétail.
L’Urubu à tête rouge est protégé légalement par la « Loi sur la convention concernant les oiseaux migrateurs » aux États-Unis, et au Canada, et par la « Convention pour la protection des oiseaux migrateurs et du gibier » au Mexique. Aux États-Unis, il est illégal de capturer, de tuer ou de garder en captivité des Urubus à tête rouge et les infractions à la loi sont punies par une amende allant jusqu’à 15 000 dollars US et une peine de prison allant jusqu’à six mois.
Malgré la loi sur la convention concernant les oiseaux migrateurs, les Urubus à tête rouge peuvent être gardés en captivité s’ils sont blessés ou incapables de survivre en liberté. En captivité, ils peuvent être nourris de viande fraîche et les individus plus jeunes se gaveront si l’occasion se présente.
L’Urubu à tête rouge est placé sur la liste des espèces de préoccupation mineure (LC) de l’UICN. Les populations semblent stables et l’espèce n’a pas atteint le seuil requis pour être placée sur la liste des espèces vulnérables, c’est-à-dire qu’elle ne subit pas une diminution de plus de 30 % en 10 ans, ou en trois générations.
Le nom générique Cathartes est la forme latine du grec καθαρτης [kathartēs], signifiant « purificateur » et rappelle le rôle écologique de ces oiseaux. Le nom de l’espèce, aura, est la forme latine du mot mexicain indigène désignant l’Urubu à tête rouge, « auroura ». En 1758, l’Urubu à tête rouge fut décrit formellement pour la première fois par Linné dans son Systema Naturae en tant que Vultur aura et caractérisé comme V. fuscogriseus, remigibus nigris, rostro albo (« vautour gris brun, avec les ailes noires et un bec blanc »).
L’Urubu à tête rouge fait partie de la famille des Cathartidae, tout comme six autres espèces de vautours du Nouveau Monde, et est incluse dans le genre Cathartes, aux côtés du Grand Urubu et de l'Urubu à tête jaune.
La position taxinomique exacte de l’Urubu à tête rouge et des six autres espèces de vautours du Nouveau Monde reste incertaine. Les vautours du Nouveau Monde et de l’Ancien Monde sont physiquement similaires et remplissent les mêmes niches écologiques. Cependant, ils ont évolué à partir de différents ancêtres et de différents endroits du globe. Les différences entre les deux groupes de vautours est actuellement débattue, certains auteurs suggérant que le groupe du Nouveau Monde est proche parent des cigognes. Plus récemment, certains placent les deux groupes de vautours dans l’ordre des Falconiformes tandis que d'autres placent le groupe du Nouveau Monde dans son propre ordre, les Cathartiformes. Le South American Classification Committee a retiré les vautours du Nouveau Monde de l’ordre des Ciconiiformes et les a plutôt catégorisés comme Incertae sedis. Ce comité note cependant qu'une recatégorisation de Falconiformes à Cathartiformes est possible.
Six sous-espèces sont reconnues, selon Avibase :