L'université Jagellonne est composée de plus de 100 bâtiments. Le plus ancien se nomme Collegium Maius; il fut construit au XVesiècle. Le Collegium Novum, bâti entre 1873 et 1887, est le siège du Recteur de l'université. D'autres bâtiments de valeur historique sont situés dans la vieille ville (1er Campus); citons par exemple le Collegium Minus, le Collegium Iuridicum, le Collegium Witkowskiego, le Collegium Broscianum, le Collegium Wroblewskiego, ainsi que l'Arsenal Royal.
L'adaptation de l'université aux exigences de l'enseignement supérieur et de la recherche modernes a conduit à la modernisation du 2e Campus (centre ville) et à la construction de l'Auditorium Maximum (en fonction depuis 2005), avec un amphithéâtre pour 1 200 personnes, scindé en deux parties.
Le 3e Campus, encore partiellement en construction, est situé dans le 7e arrondissement, à côté du Parc Technologique de Cracovie. L'ensemble compte 100 000 mètres carrés dévolus à l'enseignement et doit être fini avant l'an 2010. Il comprend des bâtiments pour les facultés de sciences naturelles, biotechnologie, biophysique, biochimie, chimie, géographie, géologie, mathématiques, physique, informatique, astronomie, gestion et communication sociale, science politique et études internationales, ainsi que LifeScience Park - un élément du Centre Jagellon de l'innovation; la plupart des bâtiments sont déjà en fonction. Après avoir achevé la construction du 3e Campus, l'université pourra se traguer d'être l'une des plus modernes d'Europe.
Il existe également des bâtiments en dehors des campus, comme par exemple le Château de Przegorzały (Institut d'études européennes), le Parc botanique, ou le Fort Skala (Observatoire astronomique).
Avec 45 908 étudiants (2007) et 4 667 enseignants-chercheurs, c'est l'une des principales universités de Pologne.