Le campus Central est le principal campus de l'université, situé au cœur de la ville de Strasbourg, dans le quartier de l'Esplanade. Le campus s'est développé à partir des bâtiments de l'université allemande, construits suite à l'annexion de l'Alsace-Lorraine. Dont le Palais Universitaire, de style néo-renaissance constitue un symbole fort de la présence allemande dans la ville. Les Allemands construiront plusieurs autres bâtiments comme l'observatoire astronomique, le musée zoologique ou encore le jardin botanique. La création du campus Central dans les années 60 se fera dans le prolongement du campus existant en s'integrant dans les plans du nouveau quartier de l'Esplanade aménagé selon les plans de l'architecte-urbaniste Charles-Gustave Stoskopf. De nombreux bâtiments vont voir le jour, la tour de chimie, le bâtiment de la faculté de droit de Strasbourg, l'Institut Le Bel, etc. Dans le cadre de l'opération campus pour lequel l'université de Strasbourg a été sélectionnée le 29 mai 2008, c'est le campus historique de l'Esplanade qui est concerné par l'opération.
Il est desservi par les lignes de bus de la CTS 15 et 30 et par les lignes C et E du Tramway de Strasbourg aux arrêts : Université, Observatoire et Esplanade.
Situé dans le quartier de Cronenbourg et sur la commune de Schiltigheim (ouest de Strasbourg), le campus de Cronenbourg accueille l'institut universitaire de technologie Louis Pasteur, l'école européenne de chimie, polymères et matériaux, l'institut de physique et chimie des matériaux de Strasbourg (IPCMS), la délégation Alsace du CNRS ainsi que des laboratoires et divers autres instituts. On y trouve aussi un restaurant universitaire et un centre d'accueil pour chercheurs.
Il est desservi par les lignes de bus 19, 50 et 70 de la CTS.
Situé dans la ville d'Illkirch-Graffenstaden (sud de Strasbourg), le campus d'Illkirch accueille la faculté de pharmacie, l'Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire |(IGBMC), l'institut universitaire de technologie Robert-Schuman, l’école nationale supérieure de physique de Strasbourg (ENSPS) ,un restaurant universitaire, une résidence universitaire et la bibliothèque de pharmacie. On y trouve aussi l'International Space University (ISU) et le conservatoire national des arts et métiers de la région Alsace qui ne dépendent pas de l'université de Strasbourg.
Il est desservi par les ligne de bus 2 et 63 de la CTS et par la ligne A du tramway de Strasbourg, à l'arrêt : Campus d'Illkirch.
Sur le site historique de l'Hôpital Civil, proche du centre ville de Strasbourg, le campus médecine accueille la faculté de médecine, la faculté de chirurgie dentaire et divers instituts spécialisés dans le secteur de la médecine. Ceux-ci sont gérés conjointement par l'université de Strasbourg et par les Hôpitaux universitaires de Strasbourg.
Il est desservi par la ligne de bus 15 de la CTS, à l'arrêt : Hôpital Civil, par la Navette Navette Hôpital Civil et par les lignes A et D du tramway de Strasbourg, à l'arrêt : Porte de l'Hôpital.
D'autres composantes de l'université se situent hors de la région strasbourgeoise. Ainsi au nord de Strasbourg, dans la ville d'Haguenau se situe l'institut universitaire de technologie de Haguenau. En outre l'IUFM de l'académie de Strasbourg possède en plus de son site principal à Strasbourg plusieurs antennes en Alsace, à Sélestat dans le Bas-Rhin, à Guebwiller et Colmar dans le Haut-Rhin.