Après les événements de mai 1968 et pour diverses raisons, une réforme profonde de l'enseignement supérieur sembla nécessaire. La loi Faure visait à cela. Elle invitait les professeurs à se répartir comme ils l'entendaient au sein d'unités d'enseignement et de recherche, disciplinaires, qui seraient ensuite réunies en de nouveaux établissements. En raison des rivalités encore toutes chaudes issues du mouvement de mai, les regroupements furent politiquement très marqués, au départ du moins. L’université de Paris fut ainsi démembrée et cessa à nouveau d'exister le 31 décembre 1970 (annonce du ministre Olivier Guichard le 20 mars 1970). Treize universités lui succédaient.
L’ensemble totalise actuellement 336 000 étudiants. En même temps était créée une structure de coordination administrative, la chancellerie des universités de Paris, destinée à représenter le ministère auprès des nouvelles institutions ainsi que leurs biens et dotations venus de l'État.
S'il a pu sembler nécessaire à l'époque, le démembrement de l'université de Paris a été depuis vivement critiqué. Des rapprochements ont eu lieu entre universités parisiennes à partir des années 2000. La création de l'association Paris Universitas en 2005, puis la mise en place des PRES à partir de 2007 a autorisé ce type de rapprochement institutionnel. En 2007, les PRES UniverSud Paris et Université Paris-Est ont été créés, regroupant principalement des établissement se situant hors de Paris, suivis en 2010 des PRES Sorbonne Paris Cité et Sorbonne Universités.