Suite au décret du 25 juillet 1885 donnant aux facultés la personnalité civile, le décret du 28 décembre 1885 instituant un conseil général des facultés dans une même académie, la loi du 28 avril 1893 donnant la personnalité civile aux corps formés par la réunion de plusieurs facultés d’une académie et celle du 10 juillet 1896 donnant le nom d’université aux corps de facultés, la nouvelle université de Paris fut créée en 1896 comme groupement de la faculté des sciences, de la faculté des lettres, de la faculté de droit, de la faculté de médecine, de la faculté de théologie protestante (créée en 1877, transformée en faculté libre en 1905) et de l’École supérieure de pharmacie. Elle fut inaugurée le 19 novembre 1896 par le président de la République Félix Faure.
Dès les années 1910, de nouveaux bâtiments sont construits (Institut de géographie, Institut d'Art et d'Archéologie). En 1914, l’université de Paris compte 17 308 étudiants, elle en compte 64 151 en 1956. À cette époque, de nouveaux sites sont occupés : en particulier la faculté des sciences quitte la Sorbonne pour le campus d’Orsay et celui de Jussieu, une partie des enseignements de lettres est donné à Censier et à Nanterre.
L’ancienne université de Paris disparaît avec la suppression des corporations durant la Révolution française. En 1791, René Binet est chargé des fonctions de recteur par la municipalité de Paris. Au mois de février 1792, la faculté de théologie et le tribunal académique furent supprimés, sur le rapport du représentant Gaudin. Le 19 avril 1792, l’assemblée ordonna que tous les instituteurs ecclésiastiques seraient obligés de prêter serment à la constitution civile du clergé. Puis la Convention nationale supprima par décret du 15 septembre 1793 les collèges de plein exercice et les facultés sur l'ensemble du territoire de la République. La Convention nationale décide de remplacer l’enseignement des anciennes universités par un ensemble d’écoles centrales et d’écoles spéciales, précédées par les écoles primaires. En 1794 une école de médecine fut créée, qui reprit les fonctions de la faculté de médecine. Elle fut rejointe en 1804 par une école de droit.
La loi de 1806 crée une académie de Paris, qui reprend les fonctions de l’ancienne université de Paris, avec une faculté des lettres, une faculté des sciences, une faculté de théologie catholique (jusqu'en 1885), toutes les trois à la Sorbonne, une faculté de droit et une faculté de médecine. Chaque faculté est dirigée par un doyen nommé par le grand-maître de l’Université de France. Celui-ci est également recteur de l’académie de Paris.