En 2008, les composantes de l’université sont réparties dans les quelques 88 000 m2 de terrain des campus de Vannes, Lorient et Pontivy. Une antenne de l’IUT de Lorient d’une surface de 4 309 m2 est située à Pontivy.
À Lorient l’université compte deux campus. Le campus de Lanveur rassemble la Faculté de Lettres, Langues, Sciences Humaines et Sociales ainsi que le pôle de formation Sanitaire et Sociale et l’IUT de Lorient. Les bâtiments « Sciences 1 » et « Sciences 2 » de la Faculté des Sciences et Sciences de l’Ingénieur et de l’ENSIBS sont implantés sur le campus de Saint-Maudé non loin de la présidence de l’université pour les activités lorientaises. En 2008, la surface du patrimoine immobilier lorientais représente près de 48 289 m2, soit 54,7 % de la surface globale de l’université.
À Vannes, l’université compte un campus et deux lieux d’implantation. Le campus de Tohannic rassemble une partie de l’ENSIBS ainsi que la Faculté des Sciences et Sciences de l'Ingénieur et la présidence de l'université pour les composantes vannetaises. L'IUT de Vannes ainsi qu'un restaurant universitaire sont implantés dans le quartier de Kercado. La Faculté de Droit, des Sciences Économiques et de Gestion est elle implantée dans le centre ville mais doit rejoindre le campus de Tohannic d'ici à 2013 ou 2014. En 2008, la surface du patrimoine immobilier vannetais représente près de 35 589 m2, soit 40,4 % de la surface globale de l’université.
Conformément au code de l'éducation qui fixe l’organisation légale des universités publiques en France, l’UBS rassemble six composantes : trois unités de formation et de recherche, appelées « facultés », une école d’ingénieurs et deux instituts universitaires de technologie. D’autres services n’offrent pas de formations mais concourent à l’activité de l’université et disposent de statuts variés. Il en existe une dizaine à l’UBS, ils peuvent avoir une visibilité extérieure assez importante en raison de leurs activités.
L’université est structurée autour de trois unités de formation et de recherche. Elles ont la charge de la formation des étudiants, mais aussi d’une partie des activités de recherche via des laboratoires de recherche et des instituts. L’accession en premier cycle se fait de droit pour tous les titulaires d’un baccalauréat ou d’un titre équivalent :
L’UBS dispose de deux instituts universitaires de technologie qui dispensent en formation initiale et continue un enseignement supérieur destiné à préparer aux fonctions d’encadrement technique et professionnel dans certains secteurs de la production, de la recherche appliquée et des services :
Le service commun de documentation (SCD) gère l’ensemble des fonds documentaires de l’université. Il a été institué le 26 décembre 1995 par le conseil d’administration de l’université. Ces fonds documentaires sont accessibles sur les sites suivants :
Un système de prêt entre bibliothèque (PEB) permet en outre aux étudiants à partir du master ainsi qu’aux enseignants d’accéder à des ouvrages qui ne sont disponibles ni à l’UBS ni dans une autre bibliothèque du Morbihan, mais disponibles dans des bibliothèques ou des centres de documentation français comme étrangers.
L’université dispose d'une fondation universitaire, la Fondation Universitaire de Bretagne-Sud. Ses statuts et son principe ont été votés par le conseil d’administration de l’université le 16 décembre 2008. Le 1er juillet 2009, l'université et les 5 membres fondateurs sont réunis pour signer la convention qui les lie à la fondation.
La fondation vise trois buts : soutenir les étudiants dans leurs études ou dans leurs initiatives associatives, animer un réseau d’anciens étudiants de l’université, et structurer les offres de services et d’expertise de l’université aux entreprises. Les entreprises donatrices peuvent déduire de leur impôt sur les sociétés l’équivalent de 60 % de leurs donations, dans une limite de 0 5 % de leur chiffre d’affaire. Les particuliers peuvent déduire l’équivalent de 66 % de leurs donations sur leur impôt sur le revenu, dans la limite de 20 % de celui-ci, ou de 75 % du don s’ils sont redevables de l’impôt sur la fortune, dans la limite de 50 000 €.