L'université compte cinq unité de formation et de recherche (ou faculté), trois instituts, cinq écoles, et un département indépendant.
L'Université Claude Bernard Lyon 1 est dirigée par un Président, élu pour 5 ans. Il est assisté dans son action par une équipe présidentielle composée de vice-présidents des trois conseils, d'autres vice-présidents délégués pour un domaine particulier et d'un secrétaire général qui dirige l'administration et est responsable de la gestion. Les trois conseils sont élus par tous les membres de la communauté universitaire et se composent de représentants des étudiants, des personnels enseignants, des autres personnels et de quelques personnalités extérieures choisies par les membres élus :
Évolution démographique de la population universitaire
Elle accueille chaque année plus de 34000 étudiants dont plus de 80 % sont inscrits dans des filières professionnalisées : Santé, I.U.T., DEUST, licences professionnelles et masters professionnels, ingénieurs. Quasiment toutes les formations de sciences et des activités physiques et sportives ont adopté le système européen de l'enseignement supérieur appelé LMD en France. Toutes les grandes disciplines scientifiques sont enseignées à Lyon 1 : actuariat, biochimie, biologie, chimie, génie électrique, informatique, management, mathématiques, mécanique, physique, sciences de la terre,... En Santé, l'offre de formation, très large, autorise une professionnalisation en médecine, pharmacie, odontologie, sage-femme et dans six professions paramédicales : kinésithérapeute, ergothérapeute, audioprothésiste, orthophoniste, orthoptiste et psychomotricien.
Lyon 1 développe une politique de relations internationales. Elle consacre une part de son budget à la mobilité étudiante et enseignante.
Plusieurs étudiants ont la possibilité d'effectuer une partie de leur formation à l'étranger. Quant à la fréquentation de Lyon 1 par les étudiants étrangers, elle se situe environ à 12 % des effectifs, ce qui la situe dans la moyenne nationale, mais avec une forte croissance chaque année. Cette mobilité est, elle aussi, en croissante constante.
L'université comprend 102 unités labellisées de recherche, dont 41 en association avec le C.N.R.S., 22 avec l'I.N.S.E.R.M., 4 avec d'autres organismes de recherche, 24 équipes d'accueil et 1 jeune équipe. Plus de la moitié de l'activité de recherche se développe dans le champ des Sciences de la Vie et de la Santé, l'autre partie relevant des Sciences de la Matière et de la Technologie, avec plusieurs collaborations entre ces deux secteurs. En outre, l'université travaille en partenariat avec notamment l'ENS de Lyon et les trois écoles d'ingénieurs que sont l'INSA, Centrale et CPE.
L'université est impliquée dans plus de 30 projets européens labellisés et prépare le 7° Programme Cadre de Recherche et Développement Technologique de l'Union européenne. Elle participe aussi au transfert de technologie en direction des PME et des grosses entreprises. Elle valorise ses activités de recherche via une filiale privée, EZUS-Lyon 1, dont elle est actionnaire principale ; son activité annuelle globale dépasse les 23 millions d'euros.
L'activité scientifique de Lyon1 se déploie au sein de 85 Unités de Recherche, réparties entre quatre grands secteurs : Sciences de la Vie et Recherche médicale, Sciences pour l'Ingénieur et Informatique, Physique - Chimie et Sciences de la Terre, Sciences humaines et sociales.
68 sont des Unités Mixtes de Recherche (UMR) c'est-à-dire qu'elles s'inscrivent dans un cadre contractuel avec un Etablissement Public à caractère Scientifique et Technologique (EPST).
Un tiers parmi ces Unités de recherche sont mixtes avec d'autres établissements (INSA, ENS, ECL, Université Lyon 2, Université Jean Monnet, ENVL, etc)
16 unités sont des Equipes d'Accueil (EA) c'est-à-dire des Unités contractualisées et soutenues financièrement par le Ministère de la Recherche.
Créée en 1990 à l'initiative de l'Université Claude Bernard Lyon 1 , EZUS LYON 1, filiale à statut privé est en charge de la valorisation des compétences scientifiques et médicales ainsi que de la gestion des collaborations et partenariats établis avec le secteur socio-économique et notamment les industriels, mais aussi avec la Commission Européenne.
Regroupée depuis avec Lyon 1 sous le label « Groupe UCBL », elle a mis en place une série de dispositifs d'accompagnement des chercheurs et enseignants chercheurs de Lyon 1 dans leurs relations contractuelles avec leurs partenaires.
L'Université Claude Bernard Lyon I a été classée 270e en 2008 au classement mondial des écoles et universités réalisé par l'université Jiao-tong de Shanghai (Academic Ranking of World Universities). Elle y est aussi classée dans la fourchette des 84-124 meilleures universités européennes et la fourchette 8-14 meilleures écoles/universités françaises.