Le 20 août 2005, 83 touristes embarquent de Genève pour un vol direct à destination de Djerba. Après une heure de vol, et alors que l'avion se trouve à 10 000 mètres, les masques à oxygène tombent et le Boeing 737-600 entame une descente rapide (ou d'urgence), procédure normale en cas de dépressurisation cabine. Pendant environ quinze minutes, la panique est amplifiée par la voix épouvantée du commandant de bord en contact avec le controleur aérien qui guidait sa descente, un micro étant resté ouvert dans le cockpit. À 3 000 mètres, l'avion, atteignant l'altitude de sécurité (altitude où l'air est respirable), se stabilise enfin. Un problème de pressurisation est annoncé et l'avion atterrit en urgence à Tunis où des médecins et des psychologues attendent les passagers. Trois heures plus tard, après la remise en place des masques d'oxygène et le remplacement du circuit, ils peuvent repartir pour Djerba. Helmi Hassine, représentant général de Tunisair pour la Suisse, confirme l'alarme due à une dépressurisation de la cabine et déclare que l'équipage a appliqué à la lettre la procédure préconisée par Boeing. Depuis, l'avion vole à nouveau après un contrôle.
Le 19 août 2010, le vol 722 assuré par un Airbus A300-600, reliant Tunis à Paris et dont le pilote ne répondait pas à la radio, est escorté par un avion de chasse et se pose sans encombres à l'aéroport d'Orly. C'est en raison d'un souci de communication et d'une altitude de vol un peu basse que l'alerte aurait été déclenchée selon l'AFP. La compagnie nie le problème de communication et justifie l'altitude de l'avion par la demande des contrôleurs d'Ajaccio.
Depuis la fondation de la compagnie, aucun accident n'est cependant à déplorer.