Les végétaux toxiques produisent des toxines via les métabolites secondaires, ce sont des molécules qui, à l'inverse des primaires (protéines, lipides, glucides, acides aminés...) sont produites en dehors des voie métaboliques nécessaire à assurer la survie (donc des primaires). Ces molécules sont très développées chez les végétaux, on les classe en trois groupes :
Ils sont formés à partir d'un acide aminé tel que l'Ornithine, Lysine, Phénylalanine, Tyrosine, Tryptophane, Histidine... Ensuite une série de réaction les transformes en toxines comme les alcaloïdes.
Les végétaux produisent toutes sortes de toxines.
Les métabolites secondaires possèderaient à priori un rôle dans la défense du végétal.Cette production de toxine serait pour la défense de la plante ainsi que pour la concurrence entre eux. Certains végétaux sont toxiques seulement pour certaines plantes.
En 1877, Pasteur veut tester l'hypothèse selon laquelle le bacille du charbon ne causerait l'état morbide que de façon indirecte, en produisant un « ferment diastasique soluble » qui serait l'agent pathogène immédiat. Il prélève le sang d'un animal qui vient de mourir du charbon, le filtre de façon à en ôter les bacilles et inocule le filtrat à un animal sain. L'animal récepteur ne développe pas la maladie et Pasteur estime que cette expérience « écarte complètement l'hypothèse du ferment soluble ». Dans une publication ultérieure, toujours en 1877, Pasteur note toutefois que le sang filtré, s'il ne cause pas la maladie, rend les globules agglutinatifs, autant et même plus que dans la maladie, et envisage que ce soit l'effet d'une « diastase » formée par les bacilles.
Après ce demi-échec de Pasteur, Loeffler, en 1884, constate que, chez les animaux morts à la suite d'une inoculation du bacille de la diphtérie, les microbes restent proches du point d'inoculation et en conclut que le bacille « doit sécréter un poison, une toxine, qui, elle, ne reste pas in loco, mais envahit tous les organes vitaux du corps ». Cette toxine pressentie par Loeffler fut isolée en 1888 par les pasteuriens Roux et Yersin, qui démontrèrent son caractère pathogène. C'était l'entrée officielle de la notion de toxine dans la microbiologie.