En écologie, un territoire désigne une zone d'habitat occupée par un individu ou une population (au sein d'un peuplement) d'une espèce végétale ou plus généralement animale.
En éthologie (comportement animal et humain), le territoire est également un milieu de vie, un lieu de reproduction d'une espèce animale. On l'étudie alors du point de vue du comportement territorial chez les animaux qui défendent ou marquent leur territoire ; contre les individus de leur espèce et parfois contre ceux d'autres espèces.
Au lieu d'être un terme neutre, un territoire peut désigner un type précis de subdivision administrative.