Le système immunitaire peut poser des problèmes soit en excès soit en défaut:
En effet si le système immunitaire s'attaque aux cellules de l'organisme qui ne sont pas pathologiques (par mauvaise reconnaissance), il va alors se créer une maladie auto-immune qui va se caractériser par une inflammation continue de certains tissus ou par la nécrose complète de certains tissus (par exemple le diabète de type I).
S'il y a un défaut du système immunitaire, dans ce cas les pathogènes ou les cancers pourront se développer plus aisément.
Bien qu'une analyse de l'immunité en facilite la compréhension, dans la réalité il existe une synergie des différentes composantes de son système. Car, la vie perpétue des échanges incessants avec son environnement. En rejetant ses déchets dans le monde qui l'entoure et en s'appropriant ses informations, son énergie et sa matière, elle s'efforce de subsister, voire de croître et de se reproduire. Le non-soi devient alors du soi et le soi du non-soi. Chez les organismes complexes, ces frontières sont parfois difficiles à préciser. Ainsi les aliments appartiennent au non-soi et, grâce à la mastication et aux autres processus de la digestion ils se transforment en partie en soi, sauf pour les déchets qui sont éliminés avec les excréments. Les molécules libérées constituants un excellent milieu de développement pour certaines autres formes de vie, le système immunitaire digestif est très efficace et il semble que plus de 70% des anticorps de l'organisme y soient synthétisés. D'ailleurs, au cours des conjonctivites et des rhinopharyngites, les sucs digestifs de l'estomac coupent les virus et les microbes en petits morceaux qui, en dehors des repas, sont présentés aux globules blancs du système digestif pour qu'ils synthétisent les anticorps appropriés. Qu'une des étapes de ce processus soit perturbée et l'immunité tarde à se mettre en place. Ainsi, en 2004, Liuzzi et al. ont démontré que le pancréas et l'intestin grêle étaient les organes de l'homéostasie du zinc. Or, cet oligoélément joue un rôle primordial dans la digestion des aliments, des microbes, des virus, etc. De même l'immunité diminue lors des carences en vitamine D, et l'équilibre entre l'inflammation et la cicatrisation repose sur le ratio des apports en acides gras saturé/acides gras insaturés, etc. De plus, au cours de l'allergie, la présence de certaines molécules dans des territoires où elles ne devraient pas être déclenche des réactions pathologiques.