Ses baies cuites sont comestibles, mais toutes les autres parties de la plantes contiennent de l'oxalate de calcium et sont donc toxiques. Le fruit non mature contient également un alcaloïde toxique. Les baies crues consommées en forte quantité peuvent provoquer nausée et vomissements chez l'homme. On doit interdire aux enfants de manger les baies. La cuisson détruit la toxine.
Le sureau noir contient de la sambunigrine et de la vicianine, deux glycosides cyanogénétiques. L'acide cyanhydrique est libéré par des enzymes végétales dans l'organisme des animaux, après l'ingestion.