Cet antibiotique est déconseillé chez la femme enceinte. Comme tout médicament, il peut montrer des effets secondaires indésirables (notamment des troubles rénaux et auditifs).
Le spectre d'action de la streptomycine est assez large puisqu'elle peut agir sur certains bacilles gram négatifs (comme Escherichia coli) ou certains cocci gram positifs (comme le Staphylococcus aureus). Cet antibiotique agit également sur Mycobacterium tuberculosis, et fut d'ailleurs le premier antibiotique contre la tuberculose. Néanmoins, de nombreuses souches pseudo de ces bactéries à l'origine sensibles à la streptomycine ont developpé une résistance aux antibiotiques (par exemple en produisant des enzymes dégradant l'antibiotique).
La streptomycine est utilisée aux États-Unis, en Allemagne et en Suisse pour lutter contre le feu bactérien atteignant principalement les arbres fruitiers des vergers.
Les écologistes sont opposés à cet usage qui pourrait renforcer la résistance aux antibiotiques des personnes consommant ces fruits traités et favoriser le développement des résistances des micro-organismes vivant dans le sol.