La monophylie du groupe des Chromistes n'est pas avérée. Les seuls Straménopiles pourraient être plus proches parents des Alvéolés, voire des Rhizariens, que des Haptophytes et Cryptophytes.
Au sein des Straménopiles, groupe récent réunissant des Algues et des taxons autrefois classés parmi les Champignons, la principale question est celle de l'acquisition de chloroplastes chez les Hétérocontophytes (ou Ochrophytes) ou, au contraire, de leur perte dans les autres taxons.
Cette classification n'est pas à proprement parler phylogénétique. Basée sur les nouvelles phylogénies, elle maintient néanmoins des taxons paraphylétiques, notamment à la base des lignées évolutives, par commodité. Elle maintient également les niveaux traditionnels de classification (règnes, phyla, classes, etc.).
▲ └─o infra-règne des Heterokonta ├─o super-embranchement des Sagenista │ └─o embranchement des Sagenista │ ├─o sous-embranchement des Bicoecia │ │ ├─o ordre des Bicoecales │ │ ├─o ordre des Anoecales │ │ └─o ordre des Pirsoniales │ │ └─o famille des Pirsoniaceae │ └─o sous-embranchement des Labyrinthista └─o super-embranchement des Gyrista ├─o embranchement des Ochrophyta (peut-être paraphylétique) │ ├─o sous-embranchement des Phaeista │ │ ├─o infra-embranchement des Hypogyrista │ │ └─o infra-embranchement des Chrysista │ │ ├─o super-classe des Phaeistia │ │ └─o super-classe des Limnistia │ └─o sous-embranchement des Diatomeae └─o embranchement des Bigyra ├─o sous-embranchement des Bigyromonada ├─o sous-embranchement des Pseudofungi └─o sous-embranchement des Opalinata
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Stramenopiles.
▲ └─o Stramenopiles ├─o Opalinata │ ├─o Proteromonadea │ ├─o Opalinea │ └─o Blastocystis ├─o Bicosoecida ├─o Labyrinthulomycetes │ ├─o Labyrinthulaceae │ └─o Thraustochytriaceae ├─o Hyphochytriales │ ├─o Anisolpidiaceae │ ├─o Hyphochytridiomycetaceae │ └─o Rhizidiomycetaceae ├─o Peronosporomycetes ├─o Actinophryidae ├─o Bolidomonas ├─o Chrysophyceae │ ├─o Chromulinales │ ├─o Hibberdia │ └─o Ochromonadales ├─o Dictyochophyceae │ ├─o Dictyochales │ ├─o Pedinellales │ └─o Rhizochromulinales ├─o Eustigmatales ├─o Pelagophyceae │ ├─o Pelagomonadales │ └─o Sarcinochrysidales ├─o Phaeothamniophyceae │ ├─o Phaeothamniales │ └─o Pleurochloridales ├─o Pinguiochrysidales ├─o Raphidophyceae ├─o Schizocladia ├─o Synurales ├─o Xanthophyceae │ ├─o Tribonematales │ └─o Vaucheriales ├─o Phaeophyceae │ ├─o Ascoseirales │ ├─o Cutleriales │ ├─o Desmarestiales │ ├─o Dictyotales │ ├─o Ectocarpales │ ├─o Fucales │ ├─o Ishige │ ├─o Laminariales │ ├─o Scytothamnales │ ├─o Sphacelariales │ ├─o Sporochnales │ ├─o Syringodermatales │ └─o Tilopteridales └─o Bacillariophyta ├─o Coscinodiscophytina (paraphylétique) │ ├─o Paralida │ ├─o Melosirida │ ├─o Coscinodiscida │ ├─o Arachnoidiscida │ ├─o Rhizosolenida │ └─o Corethrida └─o Bacillariophytina ├─o Mediophyceae └─o Bacillariophyceae