Le sphénodon vit sur les îles et îlots au nord et au sud de l'Île du Nord de la Nouvelle-Zélande (sur laquelle il n'existe plus en liberté) ; il est endémique de ce pays au climat tempéré et océanique. Le sphénodon est longtemps resté cantonné à 32 îles et îlots au large de l'île du Nord ; mais depuis quelques années, des tentatives d'introduction sur d'autres îles ont été menées avec succès (voir le paragraphe « Le sphénodon et l'homme »).
Certains oiseaux creusant des terriers, tels les pétrels, les prions, et les puffins partagent, pendant leur saison de nidification, l'habitat insulaire des sphénodons. Ces derniers utilisent les terriers des oiseaux comme abri, quand ils ne sont pas occupés, ou parfois creusent leur propre abri.
Le sphénodon a été classé parmi les espèces menacées depuis 1895, bien que la seconde espèce, Sphenodon guntheri, ne fut déterminée (ou redécouverte ?) qu'en 1989. La situation du Sphenodon guntheri est depuis 1994 considérée comme vulnérable par l'UICN.
Le sphénodon, comme beaucoup d'animaux natifs de Nouvelle-Zélande, est menacé par la destruction de son habitat, et par l'introduction accidentelle du rat polynésien.
Le genre Sphenodon était éteint sur l'île du Nord, et la population restante confinée sur 32 îles au large de celle-ci jusqu'au premier lâcher de cet animal sur l'île du Nord, dans le sanctuaire animalier de Karori, sévèrement clôturé et surveillé.
Ces 32 îles étaient libres de toute présence de mammifères, difficiles d'accès et colonisées par un petit nombre d'espèces, ce qui tend à indiquer qu'un animal absent sur ces îles pourrait avoir été la cause de la disparition du sphénodon sur l'île principale. Cependant, le rat polynésien s'est récemment établi sur plusieurs de ces îles et le sphénodon y persiste, mais ne s'y reproduit plus. De plus, les sphénodons ont toujours été plus rares sur les îles habitées par les rats.
Le faible taux de reproduction de l'espèce est aussi une des causes de sa fragilité face aux menaces causées par les rats et la destruction de son habitat.
Du fait de la détermination du sexe des embryons par la température d'incubation des œufs, les scientifiques craignent que le réchauffement climatique induise un déséquilibre dans le sex ratio, en faveur des mâles.
Sphenodon guntheri est naturellement présent sur les petites îles Brothers du détroit de Cook, avec une population d'environ 400 individus. En 1995, 50 juvéniles et 18 adultes de cette espèce ont été déplacés jusqu'à Titi Island, et leur installation a été surveillée. Deux ans plus tard, plus de la moitié de ces animaux avait été recapturés, pesés, puis relâchés : tous avaient pris du poids, sauf un. En 1998, 34 juvéniles provenant d'élevages en captivité et 20 adultes capturés dans la nature furent de même transférés sur Matiu Island, un endroit plus accessible au public.
Fin octobre 2007, il a été annoncé que 50 sphénodons de cette espèce, collectés à l'état d'œufs sur l'île de Brothers, incubés jusqu'à éclosion à l'Université Victoria de Wellington, puis élevés pendant cinq ans au zoo de Wellington, avaient été relâchés sur Long Island, toujours dans le détroit de Cook.
Sphenodon punctatus est naturellement présent sur 29 îles, et sa population est estimée à 60 000 individus.
En 1996, 32 adultes de cette espèce ont été déplacés de Moutoki Island vers Whale Island. La capacité d'accueil de Whale Island est estimée à 8 500 individus, et cette île pourrait permettre au public de voir des sphénodons en liberté.
Un lâcher de Sphenodon punctatus sur l'île principale a eu lieu en 2005, dans le sévèrement surveillé et clôturé sanctuaire animalier de Karori. Un second lâcher sur l'île principale a eu lieu en octobre 2007, lors duquel 130 individus supplémentaires ont été transférés de Stephens Island vers le Sanctuaire de Karori.
En 1990 et 1991, les sphénodons des îles Stanley, Red Mercury et Cuvier furent déplacés et maintenus en captivité pour permettre l'éradication des rats polynésiens sur ces îles. Ces trois populations se sont reproduites en captivité, et après une éradication réussie des rats, tous les individus (y compris les juvéniles nés pendant l'opération) retournèrent vers leur île d'origine.
Lors de la saison 1991 - 1992, on découvrit que Little Barrier Island ne possédait plus que huit sphénodons, qui furent placés en captivité sur place. Les femelles produisirent 42 œufs, qui furent incubés à l'université Victoria. La progéniture obtenue fut maintenue en captivité sur l'île et dans le Recovery Plan de 2001-2011, publié en 2001, il est mentionné que l'éradication des rats sur cette île était imminente.
Les rats furent éradiqués de Middle Chain Island en 1992, de Whatupuke en 1993, de Lady Alice Island en 1994, et de Coppermine Island en 1997. Suite à ce programme, on a pu de nouveau voir des juvéniles sur ces trois dernières îles. Pour comparaison, en 2007, les rats demeurent toujours sur Hen Island, du même groupe d'îles, et aucun juvénile n'a été vu là depuis au moins 2001. Middle Chain Island ne présente pas de sphénodons, mais on pense qu'il est possible que les rats fassent la traversée à la nage entre Middle Chain et d'autres îles qui, elles, présentent des sphénodons, aussi les rats ont-ils été éradiqués pour empêcher cela.
D'autres éradications de ces rongeurs ont été effectuées sur l'île Rangitoto à l'est de l'île d'Urville, afin de préparer le terrain au lâcher, en 2004, de 432 juvéniles de la sous-espèce sphénodon du détroit de Cook, qui avaient été élevés à l'université Victoria depuis 2001.
Il existe plusieurs programmes d'élevage du sphénodon en Nouvelle-Zélande. Le Southland Museum and Art Gallery d'Invercargill fut le premier organisme à avoir un programme d'élevage de sphénodon ; ils élèvent plus particulièrement des Sphenodon punctatus. Le zoo de Hamilton et le zoo de Wellington pratiquent aussi l'élevage conservatoire. L'université Victoria maintient un programme de recherche concernant l'élevage en captivité, et le Mt Bruce Wildlife Centre détient un couple et des juvéniles. Le WildNZ Trust, organisme de charité néo-zélandais, a lui aussi un enclos d'élevage de sphénodons à Ruawai.