Le soja peut être affecté par certains parasites dont le nématode du soja.
Plus de la moitié du soja cultivé aujourd'hui est génétiquement modifié (36,7 millions d'hectares contre 35,3 millions d'hectares de soja non-transgénique en 2002). La culture du soja transgénique, largement adoptée en Argentine, se développe à présent au Brésil. Les variétés transgéniques sont le plus souvent résistantes aux herbicides, notamment au glyphosate.
Les européens sont les principaux clients pour le soja non transgénique facturé environ 10% plus cher.
Des associations telles que Greenpeace et CorpWatch accusent les producteurs de soja du Brésil de contribuer à la déforestation de la forêt amazonienne dans la région du Mato Grosso. En Amérique latine, la culture du soja provoque des conflits entre les petits exploitants et les grands propriétaires qui utilisent des méthodes de culture hautement mécanisées, peu demandeuses de main d'œuvre.
Liste des produits phytopharmaceutiques autorisés en France pour lutter contre les parasites du soja : http://e-phy.agriculture.gouv.fr/usa/fiche222.htm