La plus grande partie de la production est destinée à l'alimentation des animaux d'élevage, sous forme de farine, et de tourteaux.
Selon les analyses de Lester Brown, en 2005, sur les 220 millions de tonnes de soja produit dans le monde entier, 15 millions de tonnes sont consommées « directement » par les humains sous forme de tofu, yaourt, lait de soja ... Le reste est transformé en :
C'est la première légumineuse dont le génome (de 1,1 milliards de nucléotides) a été entièrement séquencé, avec l'espoir de l'améliorer ou de produire des OGM. Ce travail terminé début 2010, a nécessité la mobilisation d'un consortium de 18 instituts américains.
Sur 46 430 gènes identifiés, 73% sont orthologues d'une ou plusieurs séquences d'autres angiospermes.
Le soja doit être considéré comme un « allergène d'origine alimentaire classique ». Il a été pendant longtemps faussement considéré comme un substitut ne présentant aucun danger pour les enfants développant des réactions adverses au lait de vache. Cependant, des travaux ont par la suite démontré le contraire. En juillet 2005, l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa) a émis une mise en garde face à l'usage de préparations à base de soja avant l'âge de 3 ans.
Le soja est aujourd'hui reconnu comme étant un allergène professionnel dans l'industrie.
Par ailleurs, le soja contiendrait des toxines dont les dangers pour l'être humain restent discutés.
Les principales protéines responsables d’allergie au soja sont connues. Cependant, des facteurs comme le stress subi lors de sa culture et les procédés industriels peuvent influencer son potentiel allergène.
Dans les graines des légumineuses, une fraction importante des protéines de stockage correspond à des allergènes majeurs.
Certaines protéines végétales, produites dans des conditions particulières, présentent un pouvoir allergène. De récentes publications montrent aussi la présence d’autres allergènes chez le soja, comme des protéases ou des inhibiteurs de trypsine.
Les stress biotiques sont nombreux et ont pour origine les virus, les organismes phytophages et les pathogènes. Afin d’y faire face, les plantes mettent en place un système de défense faisant intervenir une chaîne de réactions. Les protéines défensives végétales produites font office de rempart contre les nuisibles. Dans le cas du soja, il s’agit d’inhibiteurs de protéase. En effet, les nuisibles sécrètent des protéases et, en réponse, un « burst oxydatif » (BO) s’établit conduisant aux transferts de signaux chimiques notamment par l’intermédiaire de l’éthylène. La diffusion d’éthylène dans la plante permet d’acquérir une résistance globale face aux nuisibles en sécrétant des protéines de défense souvent allergènes. En ce qui concerne le soja, il a été montré que la sécrétion de protéine PR–10 SAM22 de la famille « bet v-1 like », est la réponse d’une attaque d’un nématode. Les « bet v-1 like » sont connues pour leurs fortes allergénicités, responsables notamment de la sensibilité au pollen du bouleau. Cela implique alors un potentiel allergène à cette protéine SAM22. Le soja secrète également des inhibiteurs de sérines protéase (STKI) pour se défendre des larves d’insectes. La remarquable stabilité de STKI aux fortes températures et aux PH acides est certainement impliquée dans son rôle d’allergène alimentaire.
La sécheresse, le froid et la salinité sont des stress abiotiques qui imposent aux plantes des changements métaboliques globaux. Exemple : l’induction des acides phosphatases « purple » (PAP) par les stress de la salinité chez le soja. Les acides phosphatases « purple » sont communément trouvées chez les plantes comme le soja. Cependant, leurs propriétés ne sont pas encore bien comprises. Une étude montre l’expression qu’un nouveau gène GmPAP3 serait induit par le stress osmotique. Le stress au NaCl provoque la transcription de gènes, aussi bien pour les variétés sauvages (Glycine soja), que pour les variétés cultivées (Glycine max). La synthèse des protéines PAP ainsi induite conduit à un stress oxydatif (avec formation de H2O2). En réponse à ce stress oxydatif, le soja forme des protéines allergènes comme la thiol protéase (Gly m Bd 30K).
Le soja est riche en isoflavones qui sont des phyto-œstrogènes et pouvant donc influer sur la santé humaine.
Un excès de soja non fermenté dans l'alimentation nuirait à la qualité et à la quantité du sperme chez l'homme
Par ce même mécanisme, il pourrait perturber le mécanisme de lactation des femmes allaitantes (et donc diminuer la quantité de lait qu'elles peuvent donner à leur bébé) en cas de consommation excessive de soja. C'est pourquoi il est déconseillé aux femmes qui allaitent de consommer trop de soja.
Selon un rapport de l'Afssa de mars 2005, des études menées chez l’animal suggèrent que l’exposition aux phyto-œstrogènes pourraient favoriser la prolifération et la croissance tumorale chez les femmes ménopausées avec antécédent de cancer du sein. A contrario, la consommation de soja chez la femme porteuse de ce cancer semble être associé avec une évolution plus favorable de ce dernier.
Bien que les études disponibles confirment l'absence de toxicité de ces isoflavones, l'Afssa propose de limiter l'apport journalier à 1 mg d'isoflavones par kilo.
Une alimentation supplémentée en isoflavones de soja pourrait réduire de moitié l’impact des bouffées de chaleur chez les femmes post-ménopausées". Il pourrait également éviter une prise de poids excessive en réduisant l’accumulation des graisses sur le ventre après la ménopause
Une étude multicentre publiée en février 2010 confirme la très grande modicité des effets des isoflavones de soja sur la déminéralisation lombaire et du col du fémur chez la femme ménopausée.