Un bémol tout de même, les données ont été volontairement altérées (résolution de 30 mètres à l'origine) avant d'être mises en libre accès. Initialement, le gouvernement des Etats-Unis avait même bloqué leur distribution, en évoquant les menaces terroristes pesant sur leurs intérêts dans le monde. Cela montre bien que les données cartographiques prennent une place capitale dans les activités de renseignement. L'information géographique devient une donnée stratégique d'importance pour maîtriser un théâtre d'opération, d'où ces régulations.
Par ailleurs le format SRTM a un défaut majeur : il s'agit d'une version bêta récente, et l'éditeur (la NASA) n'a pas encore eu le temps de lui appliquer des traitements de correction des données ; les données livrées sont brutes. Or la correction des données est une étape fondamentale dans la création d'un MNT. En effet, l'exactitude des relevés topographiques est fortement dépendante des méthodes d'acquisition et des artefacts résultants. Dans le cas de l'interférométrie radar, les zones de rivage le long des côtes sont très mal interprétées en raison des vagues et la navette doit faire plusieurs passages au-dessus de la zone voulue pour minimiser ce défaut ainsi que pour éliminer les zones cachées au rayon du radar embarqué par le relief avoisinant. L'objectif fixé par la mission était de couvrir par au moins deux passes sous un angle différent l'ensemble des terres émergées comprises entre les latitudes 56° Sud et 60° Nord. 99,96% de ces terres ont bénéficié d'au moins un passage et 94,59% de deux, mais seuls 50% environ de ces terres ont été survolées au moins une troisième fois.
Pour rendre les fichiers SRTM exploitables, il faut donc les retravailler afin de remplir les zones vides, supprimer les incohérences (altitudes trop hautes ou trop basses) et retrouver les lignes de rivages. Pour ces dernières, la National Geospatial-Intelligence Agency (NGA) a créé les fichiers SRTM Water Body Data (SWBD).
En août 2005 est mise en ligne la version 2 de SRTM qui corrige sur le territoire des Etats-Unis une grande partie des défauts de la version 1 (vides et aberrations de mesures).
Il faut aussi prendre en compte la précision de +/- 20 m en planimétrie (X et Y) et +/- 16 m en Z (pour les altitudes) pour le SRTM3.
Chaque MNT ou SWBD est référencé suivant les coordonnées du coin inférieur gauche de la zone d'un degré d'arc de côté couverte.
Les MNT sont des images matricielles binaires d'entiers codés sur 16 bits. Ils peuvent avoir l'extension .hgt (SRTM1 et 3) ou .dem (SRTM30). Les SWBD sont constitués d'un ensemble de trois fichiers avec informations topographiques : fichier principal aux données vectorielles (extension .shp qui sera directement lu par le logiciel SIG) comportant des points, des lignes et des polygones ; fichier d'indexation (extension .shx) ; table dBASE (extension dbf).
Chaque MNT (SRTM1 et 3) et fichier SWBD couvre une zone d'un degré d'arc de côté utilisant les coordonnées géographiques suivant le système géodésique World Geodetic System 84 (WGS84). Pour les MNT, chaque ligne contenant un nombre égal de points (3601x3601 points pour les SRTM1, 1201x1201 pour les SRTM3), leur ouverture dans un logiciel SIG se présentera sous la forme d'une carte rectangulaire aux proportions déformées et ce sera ce logiciel qui se chargera par opération mathématique de lui appliquer une projection cartographique adaptée à l'utilisation que l'on veut en faire. Quant aux SRTM30, ils suivent le découpage des GTOPO30.