Par l'intermédiaire de ABC Television Studio, les droits de la série appartiennent à Touchstone (filiale de Walt Disney Company), Bill Lawrence en est le créateur, le principal scénariste, et l'un des producteurs exécutifs. Les autres producteurs exécutifs sont Bill Callahan, Garrett Donovan, Neil Goldman, Tad Quill, Eric Weinberg et Tim Hobert.
Neil Goldman et Garrett Donovan ont démarré dans la série comme scénaristes et co-producteurs, puis continué en tant que producteurs exécutifs ; ils ont produits et écrits un certain nombre d'épisodes ensemble. Bill Callahan commence comme co-producteur exécutif dans la saison 4, et a depuis écrit six épisodes de la série ; il devient un producteur exécutif de la série durant 2007-2008 avant de faire partie de la trentaine d'effectifs d'ABC licenciés à la suite de la grève des scénaristes américains pour des raisons économiques. Mike Schwartz démarre comme co-producteur exécutif depuis 2006 et a écrit 11 épisodes. Michael Spiller a réalisé 15 épisodes entre 2002 et 2006. Adam Bernstein a réalisé 11 épisodes entre 2001 et 2006 dont le pilote de la série. Zach Braff a réalisé cinq épisodes, dont le 100e épisode Mon retour à la maison qui a remporté un Peabody Award en avril 2007.
Selon Lawrence, que la série soit produite par ABC et diffusée par leur concurrent NBC constitue un arrangement étrange, rendu possible par le fait que les lois américaines sur la propriété des programmes des chaînes sont devenues moins strictes. NBC ne possède en effet pas d'intérêts sur la série qui est entièrement produit par ABC, ce qui signifie que ABC recueille les bénéfices des ventes de DVD tandis que NBC ne se rentabilise qu'avec les publicités. Pour la septième saison, ABC s'était dit prêt à reprendre la diffusion de Scrubs si NBC ne voulait plus la diffuser.
Bill Lawrence, déjà co-créateur de Spin City, a eu l'idée de réaliser une série médicale à la suite d'un dîner arrosé avec trois amis médecins, Jonathan Doris, John Turk et Dolly Klock, qui lui narraient leurs anecdotes sur le métier et sur leurs années d'internat. Ces trois amis vont ensuite servir de conseillers médicaux pour la série. En plus de cela, Doris et Turk vont servir de modèle à deux des personnages principaux : John Dorian et Chris Turk. Plus tard, Klock servira de modèle à Molly Clock dans la saison 4, et si John Dorian est attiré par Molly Clock dans la série, Dolly Klock est l'épouse du véritable John Doris dans la réalité. John Doris est surnommé « Real » par l'équipe car il est le vrai JD.
Tous les épisodes (à l'exception du pilote tourné dans un hôpital abandonné de Glendale détruit depuis) sont tournés au 12699 Riverside Drive à North Hollywood en Californie, un ancien hôpital entièrement racheté par la production. Afin d'éviter toute confusion, un panneau signale à l'entrée que l'hôpital est fermé au public : au début de la production, quelques futurs patients tombaient par erreur sur le bâtiment et étaient rapidement envoyés vers un vrai centre de soin.
Outre les décors, l'hôpital contient également une salle de montage, une cantine et d'autres pièces servant à la postsynchronisation entre autres. Le tournage a lieu au premier étage, les quatre autres étages servent de lieu de détente, de vestiaires et aussi de garderie pour les enfants et les chiens de l'équipe. Les bureaux des scénaristes et des producteurs se trouvent également dans l'hôpital leur offrant l'opportunité de mieux visualiser les scènes qu'ils vont tourner ; la salle où sont écrits les scénarios est une ancienne cellule psychiatrique. Dans la série, le North Hollywood Medical Center est rebaptisé en Sacred Heart Hospital (Hôpital du Sacré-Cœur) d'après le nom de l'école qu'a fréquenté Christa Miller, la femme de Bill Lawrence.
Les séquences d'extérieur interstitielles du Sacré-Cœur sont celles d'un véritable hôpital dans le centre-ville de Los Angeles.
Bill Lawrence déclare avoir fait ce choix pour donner à la série un aspect plus réaliste car il trouve que les hôpitaux des autres sitcoms médicales qu'il a pu voir auparavant ne font pas vrais.
La plupart des acteurs de Scrubs n'étaient pas vraiment connus avant de jouer dans la série. La distribution des rôles est assurée par Brett Benner et son partenaire Debby Romano et influencée par des requêtes de NBC. Benner explique qu'une sitcom à une seule caméra sans public ni rires enregistrés demande un casting différent de celui d'une sitcom traditionnelle.