Les saumons sont vaccinés contre certaines maladies.
Le saumon peut être affecté par des maladies (surtout depuis la fin des années 1980), telle la vibriose des eaux froides. Ces maladies sont traitées par des antibiotiques, la consommation de ceux-ci a baissé de 96 % en 10 ans, au cours d’une année, 1 saumon sur 200 en prend, contrairement à 1 bovin sur 5 ou à 1 Norvégien sur 2.
Le pou du saumon peut être traité par des médicaments, par un bain anti-poux ou en mettant des girelles (un poisson) dans le bassin pour qu’ils les mangent. Lepeophtheirus salmonis affecte les espèces du genre Oncorhynchus et Caligus clemensi affecte les espèces du genre Salmo.
Le ver nématode Anisakis est un parasite des saumons, il faut traiter l’aliment saumon par la chaleur pour l’éliminer.
Infectious salmon anemia [1]
La surpêche du saumon semble déjà ancienne. Les gravures illustrant l'encyclopédie de Diderot (au XVIIIe siècle) décrivent déjà des systèmes sophistiqués de filets ou barrages posés sur toute la largeur d'un cours d'eau, permettant de capturer la presque totalité des saumons remontant le courant.
Il semble aujourd'hui difficile de sensibiliser le grand public sur la nécessité de protéger le saumon sauvage, actuellement en voie de disparition, alors qu’il n’y a jamais eu — en raison du développement intensif de l’aquaculture depuis 20 ans — autant de saumons commercialisés. Même si les captures ont diminué, les stocks sauvages n'arrivent pas à se reconstituer, excepté en Norvège, Écosse, Islande et Irlande. Aujourd'hui, 99 % des saumons de l'Atlantique dégustés dans le monde proviennent de l'aquaculture, dont la production a été multipliée par 300 depuis 1980.
Une récente étude du WWF, en partenariat avec l'ASF (Atlantic Salmon Federation) montre que les stocks de saumons ont chuté de 75 % au cours des 20 dernières années. Le saumon atlantique a entièrement disparu de 15 % des rivières et fleuves d'Europe et d'Amérique du Nord dans lesquelles il abondait.
L’interdiction des captures sur les zones d’engraissement en mer (Accords Nord-Atlantique) a permis une légère restauration quantitative de quelques populations en Europe et au Canada. La situation critique que connaît la France a déclenché des réactions et des actions de soutien des stocks et de repeuplement depuis une trentaine d’années avec certains succès pour des petits cours d’eau (Bretagne, Pyrénées…).
Les causes de régression de l'espèce semblent multifactorielles, impliquant à la fois une dégradation et fragmentation écologique de leur habitat (y compris marin), des pathologies nouvelles et un effet synergique entre polluants et perturbateurs endocriniens présents à faible dose et parasites et maladies. Des pollutions génétiques sont localement possiblement en cause suite à des réintroductions anarchiques ou non réfléchies à partir de souches élevées d'origines éloignées et génétiquement peu diversifiées. La perte ou fuite en mer de saumons ou truites génétiquement modifiés pour croître de manière accélérée pourraient aussi être une cause de disparition d'espèces sauvages dans le futur. Le grand nombre d'obstacles sur le parcours de retour aux frayères épuise les géniteurs et éclaircit leurs rangs, car en plus de l'épuisement, le retard accumulé se combine avec le réchauffement saisonnier de l'eau (décès à 25 °C). Le braconnage de ce gros poisson est facile dans les cours d'eau très peu profonds où il se reproduit. Les meilleures frayères sont en partie inaccessibles, à cause, en particulier, du barrage de Poutès à Monistrol-d'Allier.