L’archipel est constitué de deux îles principales (appelées concelhos) d'origine volcanique, São Tomé (850 km2) et Principe (142 km2), ainsi que les petites îles ou îlots environnants de Cabras au nord, de Sete Pedras, de Santana et de Quixiba à l'est, de Rolas au sud – réputée pour ses voadores, des poissons volants – et Gobaldo et Coco à l'ouest. L’archipel couvre une superficie totale de 1 001 km2. Il est situé à quelque 350 km des côtes gabonaises et l'équateur passe à 2 kilomètres de Ponta Lamaporco, la pointe sud de l'île de Sao Tomé la séparant de l'île Rolas.
La capitale et principal port du pays est la ville de Sao Tomé (53 000 habitants). L'île principale ne compte qu'une douzaine de villages, principalement dans le nord de l'île.
La distance séparant l'île de Sao Tomé de l'île de Principe est de 152 km.
Le point culminant du pays est le Pico de São Tomé (2 024 m). On note également la présence de deux parcs naturels (zones de conservation) d'une surface totale de 295 km2, soit 30 % de la superficie de l'archipel.
Ce pays est l'un des plus petits d'Afrique, le territoire des Seychelles, un autre archipel, étant plus réduit encore.
Au moment du recensement de 1950, la population de l'archipel était de 61 159 personnes, dont 1 152 Blancs, 4 300 métis, 54 697 Noirs, 1 Chinois et 9 Indiens.
En juillet 2009, la population totale est estimée à 212 679 habitants. On peut y distinguer six groupes :
La langue officielle est le portugais, mais les Santoméens parlent aussi des langues créoles, telles que le forro, l'angolar ou le principense.
Sao Tomé, la capitale, compte 53 300 habitants et São António do Príncipe 8 000 habitants.
En 2009 l'espérance de vie à la naissance est estimée à 68,32 ans, ce qui classe le pays au 149e rang mondial. Elle est de 66,65 ans pour les hommes et de 70,04 ans pour les femmes.
Selon le recensement de 2001, le taux d'alphabétisation chez les personnes âgées de 15 ans et plus est de 92,2 % pour les hommes et de 84,9 % pour les femmes.
Exportations de marchandises (2002) : 6 millions $US
Importations de marchandises (2002) : 25 millions $US
Solde de la balance des paiements (2002) : — 5 millions $US
Population active par secteur (2001) : pas de statistiques
Sao Tomé-et-Principe est considéré comme étant l'un des pays les plus pauvres, les moins avancés (PMA) et les plus endettés du monde (PPTE). 50 % du PIB est assuré par l'aide internationale. Sao Tomé-et-Principe est un pavillon de complaisance.
La découverte de pétrole devrait toutefois changer de façon radicale l’économie de Sao Tomé-et-Principe.
L'île de Sao Tomé est dotée de deux aéroports, l'Aéroport international de Sao Tomé à Sao Tomé, et l'Aéroport de Porto Alegre au sud de l'île. Principe en possède un, l'Aéroport de Principe.