Pendant la visite de Chulak pour recruter des Jaffa pour une rébellion, Teal'c est capturé par les Goa'uld. Le reste de SG-1 est envoyé pour contrecarrer une future alliance entre Apophis et Heru'ur.
L'équipe SG-1 est appelée sur Abydos pour enquêter que un étrange phénomène : une tornade qui semble murmurer le nom de Daniel. Lorsqu'ils rencontrent la tempête de sable, elle se dissout et révèle un jeune garçon qui se présente comme Shifu, l'Harsiesis.
Durant une visite à l'Air Force Academy, Carter fait la connaissance de Jennifer Hailey, une jeune cadette prometteuse au caractère rebelle. Carter voit un grand potentiel en elle, mais Jennifer semble déterminée à saboter son futur avec l'Air Force. Elle est très entêtée, et plein de ressentiment pour Carter à qui elle est systématiquement comparée. D'un autre côté, elle est brillante et Carter reconnaît qu'en lui donnant un peu de temps, elle pourrait se révéler une formidable recrue pour le SGC. Finalement, Carter décide de montrer à Jennifer exactement ce qu'elle pourra observer si elle continue l'aventure... en l'emmenant à travers la Porte des Étoiles.
Un membre d'une unité SG se suicide en pénétrant dans le vortex sortant de la Porte des Étoiles et trois autres, dont Daniel, sont proches de la mort après être revenus de mission sur la même planète que tentait d'atteindre le soldat suicidé. Leur état demeure un mystère, mais la réponse pourrait bien reposer dans un étrange temple doté d'une lumière hypnotisante...
Les répliques synthétiques de SG-1 (voir l'épisode 19 de la saison 1 : les doubles robotiques) semblent avoir continué leur exploration des autres mondes via la Porte des Étoiles. Cependant, ils auraient été capturés par Cronos. Et SG-1 doit tout mettre en œuvre pour empêcher que la technologie des robots tombe aux mains des Goa'uld.