Commandé à l'origine par la compagnie suédoise ABA à onze exemplaires, il servit finalement au sein de la compagnie SAS ; cette dernière ayant absorbé la première. Huit exemplaires furent livrés entre octobre 1950 et octobre 1954, pour desservir essentiellement des lignes scandinaves et quelques lignes européennes.
Le Saab Scandia 90 servit également dans la compagnie aérienne brésilienne VASP, entre 1950 et 1966, pour les lignes intérieures. En plus de commandes spécifiques, VASP fit en 1957 l'acquisition de la flotte SAS en fin de service.
Le 22 juillet 1969 marqua le dernier vol du Saab Scandia 90.
Le prototype SE-BCA décolla de Linköping le 9 août 1948 pour une série de vols promotionnels à travers onze pays européens ; compagnies aériennes et passionnés lui réservèrent un accueil plein de curiosité. Il foula respectivement les pistes de Stockholm, Oslo, Dublin, Prestwick, Gatwick, Jersey, Copenhague, Bruxelles, Amsterdam, Genève, Zurich, Lisbonne, Porto, Madrid puis Paris, avant de saluer la Finlande pour finalement rejoindre Linköping le 11 novembre 1948. L'aéronef cumula ainsi 113 heures de vol sur une distance de 37 200 km.
Le 16 août 1949, le Scandia SE-BCA chargé de six réservoirs à carburant supplémentaires de 400 litres chacun prit son envol pour une série de croisières promotionnelles entre trois continents : l'Europe, l'Afrique et l'Amérique du nord. Rejoignant d'abord la capitale française, où il fut allégé de ses réservoirs pour exécuter une série de vols africains, il mit ensuite le cap vers l'Éthiopie le 23 août. Décollant d'Addis Abeba, il goûta respectivement aux pistes d'Athène, du Caire, d'Asmara, de Port-Soudan et de Luxor. Le circuit, souvent effectué sous une chaleur africaine proche des 50 °C, ne rencontra aucun problème technique sérieux et se termina par un atterrissage à Paris où l'aéronef retrouva ses six réservoirs supplémentaires.
Le 4 septembre l'avion s'arracha de Paris à destination du Connecticut, à Hartford au siège de Pratt&Whitney. Ce voyage de trois jours se composa d'une escale à Prestwick (Écosse), en Islande et au Groenland. Posé à Hartford l'appareil abandonna ses réservoirs, reçut un nouvel aménagement intérieur et débuta un circuit à travers tous les États-Unis ; il se présenta entre autres à New York, Los Angeles, Houston, Miami, Chicago avant de retourner à la base de Pratt&Whitney le 14 octobre.
En dépit de ces campagnes promotionnelles et de qualités de vol reconnues, l'avion ne trouva preneur qu'auprès de deux compagnies aériennes. Le prototype SE-BCA connut par la suite une fin luxueuse, en devenant l'avion privé de l'industriel brésilien Olavo Fontoura.