En novembre 1972, la traversée de Lyon depuis la place de Valmy jusqu'au carrefour avec le CD 3 à Bron a été déclassée
En septembre 2004, la section entre Lieusaint et Melun, doublée par l'A5a depuis 1995, a été déclassée en D306.
Depuis 2006, la RN6 est déclassée dans le département de la Côte-d'Or en D906. Il en est de même dans le département du Rhône où elle est devenue la D306. Dans le département de Seine-et-Marne, elle a été déclassée en D606 à partir de Melun.
Le décret de décembre 2005 prévoyant le transfert de la majorité des routes nationales aux départements ne conserve qu'une très courte section en Île-de-France entre l'A86 et la Francilienne puis une autre près d'Auxerre et dans la traversée de la Saône-et-Loire.
État actuel :
Val-de-Marne : D6 entre Paris (Porte de Charenton) et la jonction avec la A86. N6 entre la A86 et la limite avec le département de l'Essonne (tronçon non déclassé).
Essonne : N6 (tronçon non déclassé) entre la limite avec le département du Val-de-Marne et Tigery (connexion avec N104/A5A)
Seine-et-Marne : D306 entre Lieusaint et Melun (depuis 2004), et D606 entre Melun et la limite avec l'Yonne.
Yonne : D606 dans la totalité de la traversée de ce département sauf en rocade d'Auxerre N6 (tronçon non déclassé). Les cartouches N6 figurent toujours sur la signalisation routière en juin 2007.
Côte-d'Or : D906 dans la totalité de la traversée de ce département.
Saône-et-Loire : pas de déclassement prévu à ce jour...
Rhône : D306 entre la limite du département de Saône-et-Loire et Lyon sauf N6 sur la commune de Dardilly, Villefranche-sur-Saône et Lyon (tronçon non déclassé), D506 à Bron et de nouveau D306 jusqu'à la limite du département de l'Isère.
Isère et Savoie : D1006 de la limite avec le département du Rhône au col du Mont-Cenis.