Le rorqual boréal appartient à la famille des Balaenopteridae, qui comprend la baleine à bosse, la baleine bleue, le rorqual de Bryde, le rorqual commun et la baleine de Minke. Le mot « rorqual » vient du norvégien « röyrkval », qui signifie « baleine à sillons », parce que les représentants de cette famille portent une série de stries ou de sillons parallèles, longitudinaux, depuis la lèvre inférieure jusqu'à la face ventrale. Le français a retenu le terme spécifique « boréal », du latin borealis, qui signifie « nordique » (Borée désignait le vent du nord chez les Grecs).
La première description de cette espèce, due à René-Primevère Lesson en 1828, a été reprise presque immédiatement par Karl Asmund Rudolphi, de sorte que dans les pays anglo-saxons, ce cétacé est appelé parfois « Rudolphi's rorqual », et dans des pays francophones « Rorqual de Rudolphi ».
Il est aussi souvent associé au Lieu noir, comme en témoignent les qualificatifs en langue anglaise de Pollock Whale, Coalfish Whale, ou Sei Whale, mais également dans de nombreuses autres langues (russe, polonais, allemand). Le terme Sei est d'origine scandinave et signifie toujours le lieu noir en Nynorsk (Sei). L'association de termes s'est faite parce que le rorqual boréal apparaissait en effet au large des côtes de Norvège à la même saison que ce poisson, les deux animaux se nourrissant de plancton et migrant au gré des concentrations de leur nourriture. Les termes maritimes scandinaves, du fait de l'extension du commerce des vikings, se sont largement répandus dans les langues européennes au cours du Moyen Âge.
Les pays du Pacifique le désignent comme le « Rorqual japonais » (en anglais Japan Finner). En japonais, son nom est iwashi kujira, ou « baleine sardine », parce qu'on a observé que ce rorqual se nourrissait aussi de ce poisson dans le Pacifique.
Du point de vue de l'évolution, on suppose que la famille des Balaenopteridae s'est séparée des autres familles du sous-ordre des Mysticeti (aussi appelées « baleines à fanons » ou « grandes baleines ») vers le milieu de l'ère Miocène. Cependant, on ignore dans le détail à quel moment les divers représentants de la famille des Mysticeti, comportant les Balaenopteridae, ont connu une évolution divergente.
On a identifié deux sous-espèces :
Elles sont effectivement distinctes et vivent dans des aires bien séparées.
─o Balaenopteridae et Eschrichtiidae ├─o │ ├─o │ │ ├─o B. musculus │ │ ├─o Megaptera novaeangliae │ │ └─o Eschrichtius robustus │ └─o │ ├─o B. physalus │ └─o │ ├─o B. edeni │ └─o │ ├─o B. borealis │ └─o B. brydei └─o ├─o B. bonaerensis └─o B. acutorostrata
On estime aujourd'hui que l'effectif total de rorquals boréaux n'est plus que de 54 000 individus, soit environ un cinquième de la population d'avant la pêche baleinière industrielle. Une étude de 1991 portant sur la situation de l'Atlantique Nord arrivait à une population totale de seulement 4 000 individus. Cette étude s'appuyait sur une technique de recensement répandue, le « catch per unit effort » (CPUE), qui tente d'estimer l'effectif d'une espèce en se basant sur le temps et les moyens nécessaires pour localiser un nombre déterminé d'individus de l'espèce recherchée. Cette méthode est cependant critiquée par la communauté scientifique et n'est pas considérée comme une vraie mesure scientifique d'abondance.
On disait dans les années 1960 et au début 1970 que ces animaux se faisaient rares au large des côtes septentrionales de Norvège, où les rorquals boréaux étaient capturés en grande quantité entre la fin du XIXe siècle et la Seconde Guerre mondiale. Parmi les explications avancées pour expliquer cette raréfaction, il y a celle qui met l'accent sur la pêche excessive des cétacés, et celle, alternative, qui rattache la diminution du stock de copépodes dans le Nord-Est Atlantique observée à la fin des années 1960 à une migration des bancs de rorquals. Les comptages effectués dans le Kattegatt ont donné 1 290 cétacés en 1987, et 1 590 en 1989. Au large de la Nouvelle-Écosse, l'effectif est estimé entre 1 393 et 2 248 avec un minimum estimé à 870.
Pour l'océan Pacifique, une étude de 1977, reposant sur la méthode du CPUE et le nombre de prises, a donné une estimation de 9 110 individus. Les baleiniers japonais contestent ce chiffre, trop ancien selon eux : ils estimaient en 2002 qu'il y avait 28 000 rorquals dans le Nord-Ouest Pacifique, estimation qui n'est pas reconnue par la communauté scientifique internationale. Dans les seules eaux de Californie, entre 1991 et 1993, seule une observation a été confirmée et cinq observations non confirmées ont été rapportées par des navires de pêche ou des survols, tandis qu'aucune observation confirmée n'a été réalisée au large des côtes de l'Oregon et de l'État de Washington. On estime qu'il y avait 42 000 individus dans le Pacifique Nord avant la pêche baleinière industrielle. Lorsque cette activité prit fin en 1974, le nombre de rorquals de cette espèce était tombé entre 7 260 et 12 620 individus.
Quant à l'hémisphère Sud, les estimations de l'abondance du rorqual boréal fondées sur l'historique des prises et la méthode CPUE varient entre 9 800 et 12 000 individus. L'IWC a publié le chiffre de 9 718 rorquals, fondé sur les comptages effectués entre 1978 et 1988. On estime qu'il y avait environ 65 000 rorquals dans l'hémisphère Sud avant la pêche baleinière industrielle.