La culture intensive du riz contribue au Réchauffement climatique. Elle est à l'origine de l'émission d'une quantité assez importante de méthane, (environ 120g par kilo de riz) puissant gaz à effet de serre.
En riziculture, deux types de bactéries agissent : les bactéries anaérobies se développent en l'absence d'oxygène ; les bactéries aérobies se développent en présence d'oxygène. Les bactéries anaérobies produisent du méthane, et les aérobies en consomment. Les techniques d'irrigation couramment utilisées pour la riziculture favorisent le développement principal des bactéries anaérobies, donc la production de méthane n'est que très peu absorbée par les bactéries aérobies. Conséquence, une grande quantité de méthane est produite et lâchée dans l'atmosphère. Des techniques alternatives d'irrigation pourraient cependant être utilisées pour limiter ce problème.
La production d'un kilo de riz correspond à l'émission de 120 g. de méthane. La riziculture représente de ce fait le deuxième producteur mondial de méthane avec 60 millions de tonnes/an ; juste derrière l'élevage des ruminants qui lui génère 80 millions de tonnes/an.
Selon la revue Science, la Chine, premier pays producteur et consommateur de riz, envisage de commercialiser des riz OGM à court terme, c'est-à-dire dès 2006. Il s'agit de deux variétés issues de la recherche chinoise, résistant à la pyrale du riz grâce à des gènes transplantés, l'un du bacillus thuringiensis (riz Xianyou 63) et l'autre d'une plante, la dolique à œil noir (riz Youming 86). Ces variétés ont fait l'objet de culture en conditions réelles en 2001 et 2003. Ces essais ont démontré la réduction sensible de la consommation de pesticides (80 %) avec un effet positif sur la santé des agriculteurs et sur leurs résultats économiques, et une amélioration du rendement (63,6 q/ha contre 61,5 pour des variétés classiques). Cependant, aucune étude scientifique n'a encore démontré l'innocuité de ces produits OGM sur le corps humain, ni leur nocivité d'ailleurs. La Chine est déjà le plus gros producteur de coton OGM, mais avec le riz, ce serait la deuxième fois que des produits OGM seraient mis massivement sur le marché de l'alimentation humaine (après le soja).
Par ailleurs, suite à la présence d'OGM dans des nouilles chinoises distribuées par Tang Frères, découverte en septembre 2006, la Chine a nié avoir autorisé la culture d'organismes génétiquement modifiés.
Le « riz doré » ou « Golden Rice » est un ensemble de lignées de riz qui ont été obtenues par transgénèse par une équipe de chercheurs suisses menée par le Pr Potrykus à Zurich, en collaboration avec une équipe allemande dirigée par le Pr Beyer à Fribourg. Le caractère "doré" de ces lignées est dû à leur transformation avec différents gènes codant un ensemble d'enzymes permettant à la biosynthèse du β-carotène d'avoir lieu dans le grain de riz. L'organisme humain est capable de transformer le β-carotène en vitamine A. Selon ces chercheurs, le « riz doré » pourrait être une réponse à la détresse d'un demi-million de personnes qui chaque année perdent la vue, et d'un à deux millions de personnes qui, chaque année, meurent de carence en cette vitamine. Ce travail a été repris par l'IRRI, qui travaille actuellement à intégrer ces transgènes dans de nombreuses nouvelles variétés adaptées aux différentes conditions de culture du riz. Dans ce cadre, le caractère "doré" a été transféré à IR64, l'une des variétés les plus utilisées de riz indica. Les lignées obtenues ont gardé toutes les caractéristiques de la variété parente, et ne contiennent pas de gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques.
De nombreux groupements écologistes (dont Greenpeace et Friends of the earth) ainsi que des groupements altermondialistes ont critiqué ces travaux et émis des craintes concernant leur application.
Pour l'activiste Vandana Shiva, mais aussi selon d'autres opposants aux OGM, comme l'association internationale Greenpeace, c'est l'approche même qui est à revoir, les carences en vitamine A sont des conséquences de la monoculture instaurée par la révolution verte, la solution réside selon elle dans la restauration de la biodiversité. Par ailleurs, l'association Greenpeace a montré que les doses de β-carotène trouvées dans les premières lignées de riz doré étaient très basses. Il a été dit par des militants de cette association que de très grandes quantités (de 4 à 18 kilos selon les sources) de riz doré devaient être consommées chaque jour pour obtenir l'apport journalier recommandé (AJR) en vitamine A. Cependant, les lignées récentes de riz dorés produisent de plus grandes quantités de vitamines A (23 fois plus que les premières), et une consommation quotidienne beaucoup plus modeste permet de fournir les doses de vitamine A souhaitables.
Les personnes et les organismes à l'origine de cette technique (tout particulièrement Ingo Potrykus et la Fondation Rockefeller) ont défendu, parfois avec véhémence l'intérêt de cette nouvelle technique pour la santé dans les pays en voie de développement. Deux axes d'argumentation ont été développés : d'une part, il n'existerait pas de scénario raisonnable aboutissant à un risque grave pour l'environnement ; et d‘autre part, les personnes souffrant actuellement d'avitaminose A sont atteintes malgré les programmes de lutte existant contre cette carence. Le riz doré s'ajouterait, et ne remplacerait pas, les programmes existants.
De nombreux medias ont réalisé des reportages relatant la controverse liée au riz doré.