En 1938, Isidor Isaac Rabi découvre le phénomène de résonance magnétique sur des jets moléculaires.
En 1946, Felix Bloch et Edward Mills Purcell précisent la notion de fréquence de résonance.
C'est sous le terme de zeugmatomographie (zeugma étant un terme grec signifiant « union ») qu'est apparue son application en imagerie, créée en 1973 par Paul Lauterbur, prix Nobel de physiologie et de médecine en 2003 pour cette invention.