Le statut juridique de la République monastique de l'Athos, confirmée en droit international par le traité de Lausanne en 1923, est également défini par la constitution grecque de 1926 qui l'a fait bénéficier d'une autonomie interne. Un gouverneur civil nommé par l'État grec traite des questions administratives et judiciaires. Tous les moines, grecs et étrangers, ont les mêmes droits. Ceux d'origine étrangère ont droit automatiquement à la nationalité grecque. La république est dispensée d'impôts et les moines ne sont pas soumis au recensement.
Lors de l'adhésion de la Grèce à la Communauté européenne, ce statut a fait l'objet d'un article spécifique du traité d'adhésion pour indiquer que le Mont Athos garderait en Europe le statut que lui reconnaît la Grèce. En 2002, une députée européenne du PASOK, Anna Karamanou, a proposé en vain une résolution au Parlement européen pour que la presqu'île soit ouverte aux femmes.
La Sacrée Communauté, qui siège à Karyès, est l'organe délibératif réunissant les vingt représentants de chacun des vingt monastères. La Sainte Épistasie en est l'organe exécutif qui compte quatre moines, à la tête duquel se trouve le Protos. Les vingt monastères sont en effet répartis en cinq groupes de quatre qui gouvernent ensemble pendant un an puis cèdent leur place au groupe suivant.
Les moines suivent à la fois : le calendrier julien qui accumule 13 jours de retard sur le calendrier gregorien, et l’« heure byzantine » qui est une heure solaire, plus ou moins longue selon la saison (0 heure correspond au coucher du soleil).
Autre exception de taille est la règle de l'abaton (mot qui signifie en grec : « inaccessible »), édictée en 1045, qui stipule qu’« aucune créature femelle n'y est admise » (il est toutefois sous-entendu que cela ne concerne que les vertébrés, à l'exception notable : des poules, dont les œufs frais sont nécessaires à la cuisine et la fabrication des peintures pour les icônes ; et des chattes, nécessaires au maintien de la présence de félins chassant les nuisibles). Toutes violation de l’abaton étant passible, selon les lois grecques, d'une peine pouvant aller jusqu'à douze mois d'emprisonnement.
Cependant, par deux fois dans son histoire, cette règle ne fut pas appliquée pour des raisons humanitaires, des réfugiés incluant des femmes et des filles furent accueillies sur son territoire :
Le 13 juillet 1953, une ancienne Miss Europe 1930, Aliki Diplarakou, relata dans un article du Time magazine intitulé The Climax of Sin, avoir fait dans les années 1930, de la contrebande sur le Mont Athos, déguisée avec des vêtements d'homme.
Le 8 janvier 2008, 500 personnes dont de nombreuses femmes, ont pénétré sur le territoire de la république, afin de protester contre l'empiètement des monastères sur des terrains publics. Le 25 mai suivant, quatre femmes moldaves, probablement victimes de proxénétisme, ont été arrêtées par la police grecque sur le territoire de la république monastique.
L'accès en est donc réglementé : la possession d'un laissez-passer (le Diamonitirion - voir ici un exemplaire) est obligatoire. Autrefois uniquement délivré par les autorités athonites à Thessalonique (au « Bureau des Pèlerins » situé au 109, rue Egnatia) sur présentation d'une lettre de motivation rédigée en grec, l'obtention de ce document peut aujourd'hui se faire aisément par internet, fax et téléphone. Il est ensuite à retirer au bureau des pélerins d'Ouranopoli, d'où partent ferries et bateaux pour Dafni, le port principal de la République (le Diamonitirion est nécessaire pour pouvoir embarquer, l'accès ne se faisant que par la mer puisque sur le continent une clôture sépare la partie monastique du reste de la presqu'île). Valable quatre jours, le Diamonitirion peut être renouvelé pour une même durée à Karyès, la capitale.
Le grec est la langue officielle de la république, qui est aussi utilisé comme langue liturgique dans les monastères grecs.
Cependant dans certains monastères d'autres langues sont aussi utilisées :
Le roumain est également utilisé dans les skites de Prodromou et Lacou, rassemblant au total soixante-quatre moines.
Le géorgien était autrefois utilisé à Iveron (le monastères des Ibères), et le latin au monastère des Amalfitains, aujourd'hui en ruine (nommé ainsi parce qu'il fut fondé par des moines orthodoxes italiens originaires d'Amalfi).
Les moines du Mont Athos étaient, autrefois, appelés caloyers. On les appelle aussi « agioreitis » (αγιορείτης en grec, en français athonites). Les supérieurs sont appelés des Higoumènes ou Archimandrites. Chaque moine porte ensuite un nom précis en fonction de la charge qui lui est confiée :
Religieux saints ou célèbres :