Le ragondin est un animal préférant vivre dans les milieux aquatiques d'eau douce, parfois saumâtre. Aux rivières et fleuves d'Amérique du Sud d'où il provient s'ajoutent désormais tous les réseaux hydrauliques constituant son nouvel habitat dans les pays où il a été introduit : fossés et canaux reliant les marais.
Il creuse un terrier de 6 à 7 m le long des berges. Ce terrier possède en général plusieurs entrées, dont une subaquatique. Dans certaines régions à très forte densité de ragondins, et lorsqu'il a à sa disposition un vaste réseau de fossés et canaux, les terriers du ragondin participent à la déstabilisation des berges. Par la quantité de terre exportée dans l'eau à chaque terrier creusé, le ragondin provoque également l'accélération du comblement des fossés et canaux. Il utilise parfois les terriers déjà creusés par le rat musqué, avec qui il entre parfois en concurrence. Il peut également construire des huttes de feuillages.
Le ragondin, par son mode de vie et sa qualité d'espèce invasive, influence et transforme considérablement son habitat, et est classé parmi les nuisibles dans plusieurs pays européens, dont la France.
Il est accusé en particulier de :
Selon une étude publiée dans l'Ecological Society of America, le ragondin a été classé en tête des 10 espèces exotiques les plus nuisibles d'Europe. À ce titre, les ragondins sont également officiellement répertoriés par le projet européen Daisie (Deliverling Alien Invasive Species Inventories for Europe) parmi les 922 espèces les plus envahissantes.
En Italie, entre 1995 et 2000, malgré un plan de lutte de 3 millions d'euros, les dégâts causés par l'animal aux berges et à l'agriculture ont été estimé à 11 millions d'euros).
En France, il est inscrit officiellement sur la liste des animaux susceptibles d'êtres classés nuisibles. Dans certaines régions, il a fait l'objet de plans de lutte collectifs, à l'échelle de dizaines de communes. Les méthodes de lutte contre le ragondin sont les mêmes que celles autorisées pour les autres espèces nuisibles : tir au fusil, tir à l'arc, piégeage, déterrage... L'empoisonnement, interdit depuis 2006, a été responsable d'importantes nuisances sur l'environnement, tuant d'autres animaux et représentant un risque sanitaire pour l'homme.
À l’inverse, lorsque sa densité n'est pas trop importante, cette espèce joue un rôle positif dans l’entretien de la végétation des marais (roseaux, lentilles d’eau).
Dans son habitat naturel, le ragondin atteint sa maturité sexuelle vers six mois, mais est mature dès deux à quatre mois en captivité. Les mâles sont actifs sexuellement toute l'année. La femelle a deux ou trois portées par an de cinq ou sept petits en moyenne. Elle les allaite pendant sept à huit semaines. Fait particulier, ses mamelles sont déportées vers les flancs au lieu d'être placées sous le ventre comme chez la plupart des mammifères, ce qui lui permet de nager avec ses petits accrochés aux tétines. Le ragondin ne vit jamais seul.