Depuis quelques années, et notamment depuis la Convention sur la diversité biologique de Rio, la FAO, l'OIE l'ONU, des ONG et certaines instances scientifiques internationales (IUBS, UICN…) s'inquiètent de la disparition accélérée d'espèces domestiquées.
A titre d'exemple, rien qu'en France : en 100 ans, le nombre de races de bétail est passé de plusieurs centaines à une douzaine dans les années 2000. Et quand une "race animale" subsiste, il n'en reste que quelques individus, c’est-à-dire que la diversité de son patrimoine génétique s'est considérablement appauvrie, ce qui nuit aux capacités de résilience écologique des agro-systèmes et risque de rendre difficile l'adaptation de l'élevage aux changements climatiques et aux maladies.
L'évaluation des écosystèmes pour le millénaire a montré qu'en dépit de la Convention de Rio sur la biodiversité et du protocole de Carthagène (sur la biosécurité), le nombre des races domestiques s'est encore effondré, sauf en Europe et en Amérique du Nord, mais le déclin y a été plus précoce. L'ONU vise la conservation à long terme la biodiversité, pour un "Partage juste et équitable de ses avantages". Mais nous sommes devenus tributaires de moins de 100 plantes pour 90 % de nos besoins. L'humanité s'est jusqu'au début du XXe siècle nourrie de plusieurs milliers d'espèces végétales. Elle n'en cultive plus aujourd'hui qu'environ 150, dont trois (Maïs, blé, riz) fournissent près de 60 % des calories et protéines végétales. Dans le même temps, une standardisation et une stabilisation des races et variétés ont été imposées par les grands semenciers et le secteur agro-alimentaire via la mise en place d'inscriptions obligatoires à des catalogues. Ceci a encore accentué la perte de diversité génétique des ressources agricoles, via l'adaptation d'un nombre toujours plus faible d'espèces, races et variétés aux standards homogénéisants du secteur agro-alimentaire. Les abeilles domestiques régressent, tout comme les abeilles sauvages, pour des raisons encore mal comprises, mais parmi lesquelles la pollution génétique pourrait avoir une responsabilité. Des zoonoses aujourd’hui mondialisées comme le prion dit « de la vache folle », la maladie de Newcastle, la fièvre aphteuse, ou le virus H5N1 de la grippe aviaire ont conduit à tuer préventivement des millions d'animaux d'élevages traditionnels. Faute d'avoir organisé la conservation du patrimoine génétique des races anciennes et locales, les animaux abattus ont pour la plupart été remplacés par des animaux de « races » industrielles productrices achetées à des naisseurs sous forme de veaux ou de « poussins de un jour » par les éleveurs (même bio), encore une fois au profit d'une homogénéisation génétique liée à la sélection et au faible nombre de reproducteurs.
Dans le même temps, la part du territoire disponible pour la nature sauvage régresse au profit notamment de l'agriculture intensive (42 % en moyenne de la superficie de l'UE, mais 75 % dans des régions telles que le Nord-Pas-de-Calais ou la Picardie). La sylviculture s'intensifie aussi, ce ne sont donc pas dans ces espaces, par ailleurs de plus en plus fragmentés que la diversité génétique d'espèces parentes peut être conservée, alors que les sols agricoles se dégradent partout dans le monde.
La FAO a enquêté dans 170 pays sur le devenir au cours des 10 dernières années sur 6 379 races d'animal d'élevage de mammifères et d'oiseaux domestiqués. L'étude conclut à deux races domestiques perdues chaque semaine et à 350 races menacées d'extinction. Plus de 1 000 races auraient été perdues en 100 ans. Un tiers des races d'élevage sont menacées d'extinction.
Les données de taille des populations ne sont disponibles que pour 4 183 races, presque toutes en régression constante ou accélérée. 740 races sont déjà éteintes. 1 335 (soit 32 %) sont à la limite de l’extinction. La régression tend à s'accélérer, avec une proportion de races de mammifères domestiques menacées d'extinction : de 23 à 35 % de 1995 à 2000 (en 15 ans). Races d’oiseaux menacées d'extinction est passée de de 51 % du total en 1995, à 63 % en 1999. "Si rien n'est fait, 2 255 races seront perdues d’ici 2020. Même des variétés très productives et rustiques ont régressé. Le CRRG et le Conservatoire national botanique de Bailleul (CNBB) ont sauvé in extremis la carotte de Tilque (l'une des plus grosses carottes des variétés anciennes), le mouton du Boulonnais, la vache flamande, des centaines de variétés de fruits, une centaine de légumes anciens, mais le porc flamand (ou porc des Flandres) a définitivement disparu. Ces variétés ne sont souvent représentées que par une population très petite, voire un unique arbre.
Un autre problème est celui de la pollution génétique induit par les croisements d'espèces domestiquées (animales, végétales…) avec leurs parents ou ancêtres sauvages, croisements qui peuvent perturber la base génétique d'espèces sauvages, voire l’écosystème, particulièrement avec les OGM qui peuvent potentiellement devenir de super mauvaises-herbes, insecticides et tolérantes à des désherbants totaux, risquant de devenir invasives, alors que les espèces domestiques avaient généralement une moindre aptitude à vivre sans l'aide de l'Homme. Un exemple souvent cité est celui du passage de gènes de porc domestique chez les sangliers, qui en l’absence de prédateurs naturels et dans un contexte d'agrainage pour la chasse ou de disponibilité alimentaire dans les champs permet une plus grande prolificité.