Cet oiseau est chassé (surtout les oisillons) pour sa chair ou sa graisse, mais ses œufs peuvent aussi être consommés. La pression humaine se fait aussi sentir au niveau des dérangements des adultes nicheurs, du tourisme côtier, de la destruction des aires de nidification, et de l'introduction d'espèces prédatrices (chats, chiens, rats…).
La population européenne a enregistré un fort déclin entre les années 1970 et 1990. Même si le déclin a été moins important entre les années 1990 et 2000, il persiste en Italie et en Espagne. De ce fait, BirdLife International considère cette espèce comme « vulnérable », de même que l'Agence européenne pour l'environnement (AEE). Elle est protégée par la directive oiseaux en annexe I depuis 1979 et par la Convention de Berne (protection de la vie sauvage) en annexe II (espèce animale strictement protégée).
L'IUCN considère que ce déclin est insuffisant pour être alarmant et a classé cette espèce dans la catégorie LC (préoccupation mineure).
La population européenne est estimée à entre 270 000 à 290 000 couples par BirdLife International, soit sans doute plus de 90% de la population mondiale (ces territoires constituent 75% de son aire de nidification). La plus grande colonie mondiale se trouve dans les îles Selvagens. La majeure partie de la population niche dans les îles atlantiques situées entre les Açores et les îles Canaries. Il y en a aussi sur l'archipel des Berlengas.
La population mondiale est estimée à entre 290 000 et 420 000 individus par l'IUCN.
Calonectris vient du grec kalos, beau et niktôr, plongeur. Le terme diomedea fait référence à la légende de Diomède, qui aurait été tué par le roi Daunus et dont les compagnons auraient été transformés en oiseau. De plus, les îles Tremiti, en Italie, étaient autrefois appelées îles Diomedes, et accueillent des puffins cendrés.
Puffin viendrait de l'anglais to puff, souffler, et ferait référence à la capacité qu'ont ces oiseaux à projeter par le bec une substance huileuse et nauséabonde. Le terme cendré fait référence à la couleur de sa tête.
De nombreux auteurs considèrent que cette espèce possède trois sous-espèces:
Selon l'IUCN (en 2007), l'espèce Calonectris diomedea sensu largo aurait été, en 1995, divisée en deux espèces distinctes:
Selon Avibase (en 2007), l'espèce Calonectris diomedea sensu largo aurait été divisée en trois espèces distinctes:
Plusieurs états ont émis des timbres à l'effigie de cet oiseau (voir quelques exemples sur cette page) : Madère en 1986 et 2007, les îles Maldives en 1986, Malte en 1987, l'île Maurice en 1985 et la France en 1997.