Le terme de psychanalyse apparaît pour la première fois, en français, le 30 mars 1896, mais ce n'est que le 15 mai de cette même année qu'il est publié en allemand. Alors qu'Ernest Jones précise : « les deux articles furent expédiés le même jour »
L'évènement fondateur de ce qui va devenir la psychanalyse a été la participation de Freud aux travaux du neurologue Jean-Martin Charcot sur l'hystérie (dysfonctionnement du corps sans origine physiologique), avec notamment l'utilisation de l'hypnose. La psychanalyse à proprement parler a en effet été précédée de deux phases dans les recherches de Freud :
Ceci permet de mieux comprendre les diverses appréciations de Freud quant à la naissance de la psychanalyse :
Freud pratiqua donc l'hypnose un certain temps. Avec Joseph Breuer, ils délaissent la thèse de Janet d'une fragilité constitutionnelle pour s'attaquer à la réalité de l'hystérie : ainsi paraissent en 1895 les Études sur l'hystérie.
Mais bientôt Freud se démarquera aussi de Breuer, en postulant l'importance de la dynamique sexuelle dans le développement de la psychopathologie. L'hystérie mais aussi les autres névroses sont alors conçues comme conséquence d'un trauma sexuel.
Les premiers adeptes de la psychanalyse contribuent les premiers à des débats très vifs et nombreux où ils font valoir leurs propres idées. Ainsi Carl Gustav Jung, Sándor Ferenczi, et bien d'autres sont entendus, lus, commentés par Freud qui critique les positions qui lui paraissent divergentes par rapport aux principes qu'il pense assurés par les travaux antérieurs. Ce qui ne l'empêche pas d'évoluer et d'intégrer certains de ces points de vue dans le corps de la théorie, par exemple le passage de la première topique à la seconde topique qui donne davantage de place aux pulsions agressives et de mort. En 1914, Freud fait paraître ses travaux sur le narcissisme qui préfigurent les changements qui interviendront dans la deuxième topique. Pour certains (André Green et René Roussillon entre autres), ce texte de 1914 est une topique en lui-même, ils parleront dès lors de trois topiques. Vers 1920, la théorie freudienne connaît d'importants remaniements dans l'Au-delà du principe de plaisir qui sans renoncer aux théories antérieures montrent à la fois les limites et leur dépassement. À noter que de nombreux commentaires et/ou critiques de la psychanalyse ne prennent en compte que les travaux de la première topique, voire de l'ère pré-psychanalytique de Freud et de Breuer. Les travaux de Karl Popper en sont une des illustrations.
Les nazis, à l'instar de certains psychothérapeutes, Jung par exemple, considéraient la psychanalyse comme une « science juive ». La conséquence a été que de nombreux psychanalystes juifs durent quitter l'Allemagne nazie puis l'Autriche pour émigrer ailleurs en Europe, en Amérique du Sud et aux États-Unis notamment. Lors de l'invasion de l'Autriche par les nazis en 1938, Anna Freud est arrêtée par la Gestapo, puis relâchée le soir même, ce qui décide Freud à quitter Vienne pour s'installer à Londres.
Freud laisse ouvertes de nombreuses questions. Selon les auteurs, l'accent sera mis sur différentes approches, dans un débat international qui perdure en ce début du XXIe siècle.
L'essentiel de ces débats internes à la psychanalyse porte sur l'enrichissement des concepts freudiens, tout en conservant les exigences de rigueur sur les principes essentiels, scientifiques dans l'exploration de ce champ d'études, et éthiques dans la pratique de la cure.
Le débat externe à la psychanalyse est conduit par les tenants d'une conception scientifique : les phénomènes psychologiques sont accessibles à l'expérimentation, qui seule permet de guider et d'invalider leurs modèles théoriques de la psychologie à la neuro-physiologie. Cette position effectue donc le chemin inverse de celui de Freud. Ce dernier n'excluait pas la possibilité de donner un fondement physiologique à ses recherches : il écrit en 1895, un an après les travaux de Sigmund Exner sur la même question, l'Esquisse pour une psychologie scientifique dans laquelle il met en place les notions de "quantité nerveuse" (Qn), de "frayage de route", et d'"inhibition", qui détermineront plus tard, au plan psychologique, celles de refoulement ou de conversion. On connaît encore mal à cette époque les phénomènes de la transmission nerveuse et les relations synaptiques entre les neurones, neurones que Freud conçoit comme simples réservoirs et véhicules d'une énergie nerveuse qui leur vient d'une source externe (qu'elle soit organique ou sensorielle). L’Esquisse n'aura pas de suite (ne sera pas publiée de son vivant, mais envoyée à son ami Fliess, et retrouvée par hasard chez un bouquiniste après sa mort), et Freud ne trouvant pas d'explication satisfaisante aux troubles psychologiques sans lésions anatomo-physiologiques, se tournera vers une conception proprement psychologique de ces phénomènes psychopathologiques.
C'est la raison pour laquelle Freud a nommé son approche "métapsychologie" pour bien marquer la différence, aussi bien avec la conception spiritualiste et philosophique de la psychologie de son temps, qu'avec la psychologie caractérologique et psychophysiologique qui s'appuyait sur des mesures de temps de réaction, par exemple, et les réflexes.
La psychanalyse traverse, au moins dans les pays anglo-saxons et nordiques, une grave crise et de profondes remises en question. La difficulté d'évaluer l'efficacité d'un point de vue quantitatif reste une question. L'inconscient, les théories sur la sexualité infantile demeurent par ailleurs encore un sujet de "blessures narcissiques" dans une époque marquée par l'illusion du "tout gérable" en matière d'émotions et de vie psychique.[non neutre]