Sous la Terreur Saint-Lazare connaitra ce qu'on appelle la conspiration des prisons « plan concerté d’élimination physique des prisonniers » avec au final 165 exécutions les 6, 7 et 8 thermidor pour la seule prison Saint-Lazare.
Le peintre Charles-Louis Muller (1815-1892) a réalisé un tableau intitulé Appel des dernières victimes de la terreur à la prison Saint-Lazare à Paris les 7-9 Thermidor an II sur lequel on distingue le poète André Chénier.
Dès la fin de la Terreur la prison Saint-Lazare est affectée aux femmes sur proposition de Pierre Paganel
Il ne reste actuellement de la prison et de l'hôpital Saint-Lazare que l'infirmerie et la chapelle construites toutes deux par Louis-Pierre Baltard en 1834 et dont les bâtiments ont été restaurés en 1931 par Gaston Lefol.
L’ancien hôpital Saint-Lazare formait un îlot délimité par la rue du Faubourg-Saint-Denis, la rue de Paradis, la rue de Chabrol et la rue d’Hauteville.
Suite au départ de l'assistance publique un vaste projet de réaménagement de cet îlot, délimité par la rue du Faubourg-Saint-Denis, la rue de Paradis, la rue de Chabrol et la rue d’Hauteville, a été initié à partir de 1999 par la Ville de Paris : réalisation d'équipements culturels, sportifs et scolaires, mise en valeur des bâtiments historiques et création d'un un parc paysager.
L'ancienne prison devient vers 1930 la « maison de santé Saint-Lazare » et continuera de fonctionner comme lieu de traitement pour femmes jusqu'en 1955 alors que l'ancienne prison est démolie vers 1935.
En 1955 la préfecture de Police cède une partie de ses lits à l'Assistance publique et l'hôpital Saint-Lazare devient un service de désencombrement de l'hôpital Lariboisière.
Le 1er janvier 1961 la préfecture cesse d'administrer l'hôpital qui dépendra alors de l'Assistance publique, cela sera l'hôpital Saint-Lazare, qui dépendra du groupe hospitalier Lariboisière - Fernand-Widal - Saint-Lazare.
En 1975, année internationale de la Femme, c'est fermeture à Saint-Lazare du service où les femmes prostituées étaient encore conduites après les rafles par la police.
L'hôpital Saint-Lazare fermera définitivement fin 1998, il ne comportait alors plus que 55 lits.