Le port de Málaga est surtout un port importateur. En 2005, le trafic total fut de 4 782 272 tonnes, dont 62% d'importations, 25% d'exportations, 10 % de trafic de cabotage et 3 % de pêche. Le vrac représenta 2 100 000 tonnes par an. Les marchandises les plus couramment importées sont le ciment, le clinker, les céréales, d'autres produits agroalimentaires comme les graines de tournesol ou le soja, le pétrole et l'engrais. À l'exportation prédominent la dolomite, le blé, les olives et les matériaux de construction. L'huile d'olive, principal liquide, avec 100 000 tonnes par an, est autant importée qu'exportée.
Le trafic a sensiblement augmenté entre 2005 et 2007, notamment grâce au terminal de conteneurs qui a généré un mouvement de 2 070 000 tonnes en 2005 et de 4 071 222 tonnes en 2007.
Le trafic de passagers est également important. En 2007, 612 000 passagers ont emprunté les lignes régulières locales et la ligne régulière Málaga-Melilla. La même année, 48 614 véhicules ont utilisé la ligne régulière Málaga-Melilla assuré par la compagnie Acciona Trasmediterranea. Par ailleurs une nouvelle ligne fut mise en service en juillet 2007 reliant Malaga à Al Hoceima avec le navire de la compagnie marocaine Comarit pouvant transporté jusqu'à 1100 passagers. Cette ligne est assurée par la compagnie Reduan Ferry.
En 2007, 240 navires de croisières touristiques ont fait escale à Málaga contre 227 en 2006. Le nombre de passagers de ces croisières, de 292 567 en 2007, représentait une augmentation de 31% par rapport à l'année précédente.
Le port se trouve actuellement dans un processus de remaniement (plan especial del puerto), censé l'intégrer à la ville.
Il comprend l'agrandissement à 600 places du port de plaisance, le déplacement du port de pêche, la création d'un accès ferroviaire souterrain, de plusieurs parkings dont un de 1 000 places, de jardins, de places publiques, du musée du port, de nouveaux bâtiments administratifs pour les douanes et les taxes et de l'institut océanographique.
Les quais sont reliés par un réseau de routes intérieures de pavés de granit sur béton. Leur largeur varie entre 8 et 16 m.
Le port de Málaga possède un réseau interne de chemins de fer qui permet l'accès aux zones de déchargement et aux dépôts.
Le port est relié à l'autoroute périphérique de Málaga, permettant un accès aisé avec le reste du pays, notamment par la A-7 (Barcelone-Cadix), qui longe la côte et par la A-45 en direction de Cordoue, qui rejoint à Antequera la A-92 qui permet d'accéder au reste du réseau routier espagnol. Le Centre de Transport de Marchandises de Málaga (Centro de Transportes de Mercancías de Málaga, CTM), assure la promotion et l'amélioration du transport routier des marchandises entre le Parc technologique, le port et l'aéroport de Málaga.
Le chemin de fer de la zone de service du port de Málaga est relié au réseau national et à la gare principale de Málaga, permettant le transport de marchandises par l'intermédiaire de la RENFE.