Depuis 1897, le port de Nice est géré par la Chambre de commerce et d'industrie Nice Côte d'Azur qui a dû restreindre ses projets d'extension du port (pour en faire un port de croisière notamment) du fait d'une mauvaise desserte autoroutière. En remplacement, on a aussi pensé à créer un nouveau port à Saint-Laurent-du-Var à l'embouchure du Var et à proximité de l'aéroport de Nice, mais ce lieu sert de réserve naturelle à diverses espèces d'oiseaux qui viennent y nicher.
Depuis février 2008, le port de Nice appartient au conseil général des Alpes-Maritimes.
Le port de Nice est le premier port cimentier de France en liaison avec les usines de traitement des galets de la vallée du Paillon. Il sert également de lieu d'ancrage pour des pointus et des yachts. Une activité de pêche subsiste, mais le nombre de pêcheurs professionnels est maintenant inférieur à dix.
Nice étant le point de la France continentale le plus proche de la Corse, les liaisons avec l'île se sont développées avec l'arrivée des NGV ou navires à grande vitesse. Deux compagnies assurent les liaisons : la SNCM, une compagnie partiellement publique et Corsica Ferries - Sardinia Ferries, une société entièrement privée.
Située devant le port, la place Cassini a été rebaptisée place de l'Île de Beauté.
Une mystérieuse vague de 16 heures est signalée depuis 1992 en différents points de la côte sans qu'on puisse formellement en voir la cause dans le sillage des NGV.