La mise en place du plan Orsec permet l'organisation des secours sous une direction unique (DOS). Cette organisation s'inspire de l'organisation initiale de 1952 répartis en cinq services et adaptée à la nature et l'ampleur de l'événement:
Plus largement le préfet doit veiller à alerter la population, gérer la partie administrative d'un évènement majeur et assurer la mission de post crise. Il travaille pour cela avec d'autres services tels que la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement (DREAL), le trésorier-payeur général ou le directeur régional des finances publiques, le procureur et les ONG et les associations agréées de sécurité civile (ADPC, Protection Civile , Croix Rouge, LPO, ADRASEC etc.)
La direction des opérations de secours (DOS) est assurée par le préfet du département concerné. Pour sa mission il dispose du COD et éventuellement du PCO, il est conseillé par le commandant des opérations de secours (COS), un officier sapeur-pompier :
Lorsque l'événement touche plusieurs départements ou au minimum un département et la mer, le préfet de zone assure la coordination des actions menées par les DOS (préfets ou préfet maritime). Il sollicite les moyens extra départementaux et assure également le lien avec le centre opérationnel de gestion interministérielle des crises (COGIC, ex COAD ou CODISC) de la DSC situé à Asnières-su- Seine (Hauts-de-Seine). Le préfet de zone dispose d'un état-major de zone (EMZ) et d'un centre opérationnel de zone (COZ).