Les auteurs de référence du monde gréco-latin dans le domaine de l'histoire naturelle connaissent bien les coquilles Saint-Jacques : les noms qu'ils leur donnent, kteis (κτεις, κτενος) dans le cas d'Aristote et pecten pour Pline l'Ancien, sont sans ambiguïté traduits par « peigne », une appellation toujours en usage de nos jours. Il n'est toutefois pas certain que cette appellation n'ait pas englobé d'autres espèces. L'incertitude n'est pas moindre pour pectunculus, le terme qui a donné le français « pétoncle », et dont divers auteurs avancent même qu'il pourrait avoir été équivalent de « coquillage ».
Quoi qu'il en soit, les pétoncles figurés par Guillaume Rondelet en 1558 dans son Histoire entière des poissons sont bien des pectinidés, appartenant aujourd'hui au genre Chlamys. À partir de cette époque, à la suite des écrits de Pierre Belon puis de Martin Lister, les termes « pétoncle » et « pectunculus » sont employés par les naturalistes pour nommer d'assez nombreux bivalves souvent sans rapport avec les pectinidés. La situation du terme français restera confuse tout au long du XVIIIe siècle, certains auteurs adoptant la position de Belon et Lister, d'autres conservant préférentiellement la signification initiale faisant référence à la coquille Saint-Jacques et autres pectinidés ; ainsi, la cinquième famille des bivalves de Dezallier d'Argenville, consacrée aux peignes — dont il écrit qu'ils « se nomment en François Pétoncles » —, comporte-t-elle essentiellement des pectinidés, mais aussi des coquillages étrangers à cette famille.
En 1758, Carl von Linné classe tous les pectinidés dans la section « Pectines » de son genre Ostrea. Au début du XIXe siècle, Lamarck les range tous dans le genre Pecten, qu'il nomme systématiquement « peignes » en français, et ne fait pas mention à leur sujet de l'appellation « pétoncle ». En fait, il réserve ce terme français à un nouveau genre qu'il nomme Pectunculus en latin et qui correspond à des coquillages d'une tout autre famille, aujourd'hui connus sous le nom de Glycymeris, ou amandes de mer. La communauté des malacologistes lui emboîtera le pas et, pour les spécialistes français du XIXe siècle, « pétoncle » sera durablement le nom usuel des mollusques du genre Glycymeris actuel.
Les dictionnaires reflètent de façon assez approximative cette évolution. L'édition de 1762 du Dictionnaire de l'Académie française en écarte les pectinidés (en excluant les peignes), conformément à certaines idées de l'époque ; les éditions suivantes se replieront sur une définition plus vague, et plus prudente. Le Larousse, conservant l'acception du XIXe siècle, l'assimile à l'amande de mer. Seul le Grand dictionnaire terminologique québecois entérine l'usage actuel, lui donnant pour équivalent l'anglais scallop qui désigne sans équivoque les pectinidés.
Le Dictionnaire de l'Académie et le Littré en font un substantif féminin ; il est masculin pour la plupart des autres dictionnaires, dont le Larousse et le GDT, ainsi — conformément à la désinence masculine du pectunculus latin —.que dans les usages naturaliste, halieutique et commercial.