L'humanisme de la Renaissance voit naître quelques précurseurs de la pédagogie. En France Rabelais propose un idéal du dépassement de soi. Il décrit à la fin de Gargantua (1534) une abbaye utopique, l'abbaye de Thélème. Rabelais, moine de son état, connaît bien la vie monacale, et dans la description de cette abbaye fictive il expose son idée d'une abbaye humaniste où de beaux jeunes gens, des deux sexes, viendraient étudier dans un cadre de vie idéal. L'accent est alors mis sur l'aspect moral, plutôt que religieux. On réaffirme l'importance de l'éducation physique.
À la même époque (1547), Ignace de Loyola donne à l'ordre qu'il fonde une vocation d'enseignement sur la base du nouveau programme d'enseignement, le Ratio Studiorum. Les collèges qui seront ouverts par les Jésuites en Italie, en France (collège de Clermont à Paris, collège de La Flèche, où Descartes fera ses études, collège de Mauriac et de Billom en Auvergne, etc..), puis progressivement dans toute l'Europe, seront le modèle de l'enseignement secondaire des lycées du XIXe siècle.
Pour le tchèque Comenius, la pédagogie doit être utile et pour tous.
Au XVIIe siècle, Jean-Baptiste de La Salle fonde un ordre laïc pour enseigner gratuitement dans les écoles de village. Il rédige pour les maîtres un traité de civilité à l'usage des enfants des deux sexes, et un programme d'études, la Conduite des écoles chrétiennes, qui servira de base à l'organisation de l'enseignement primaire jusqu'au début du XXe siècle.
Au XVIIIe siècle, on revient contre l'enfermement. On veut former les jeunes au monde contemporain.
En 1762, Rousseau écrit Émile ou De l'éducation. Le sujet en est « l'art de former les hommes » (préface). Rousseau énonce dans cette œuvre son principe : l'enfant naît bon et c'est la société qui le corrompt. Selon lui, il est nécessaire que l'enfant ait envie d'apprendre et qu'il ait connaissance d'un métier manuel, chose très rare chez les nobles de cette époque. L'ouvrage est condamné par le Parlement, en particulier à cause de la "Profession de foi du vicaire savoyard". Ce programme pédagogique idéal offre une vision novatrice de l'enfance.
En Suisse, Johann Heinrich Pestalozzi (1746-1827) s'inspire de ces théories pour fonder son école. Il souhaite aider l'enfant dans la vie réelle, mais en la différenciant suivant les classes sociales. Pour lui, la famille est le meilleur milieu éducatif.
En Allemagne : Paul Natorp et Georg Kerschensteiner. Chaque individu doit se former à une fonction déterminée. La communauté doit développer la solidarité, l'instruction civique le respect de l'autorité, et le sentiment patriotique.
En Angleterre : Robert Owen. Le choix des professeurs se fait sur leur capacité à éveiller la curiosité des enfants, leur patience, leur amour de l'enfant.
Au XXe siècle, la notion de pédagogie change. La pédagogie devient une pratique, un ensemble de méthodes. Les pédagogues s'efforcent d'utiliser des éléments de psychologie, c'est notamment l'éclosion du mouvement de l'Éducation nouvelle qui considère l'éducation comme un acte global de construction de la personne et non comme une simple retransmission de connaissances.
En Europe occidentale, on prend en compte l'enfant. En URSS, c'est la dimension sociale.
Aux États-Unis, avec John Dewey, elle est pragmatique, expérimentale, volontariste et socialisante. Dewey est, dès 1900, à l'origine de l'Éducation nouvelle (pédagogie active, écoute des besoins de l'enfant, projet, apprendre en faisant...).
La médecine vient aider la pédagogie. Médecin elle-même, Maria Montessori, à Rome, 1907, avec sa Casei dei bambini, crée la méthode portant son nom pour influencer la psychologie sensori-motrice des écoles maternelles.
En France, dès 1918, Adolphe Ferrière, Célestin Freinet, en Belgique Ovide Decroly, instaurent l'Éducation nouvelle, inspirée de John Dewey, où l'enfant est actif, social. L'inspecteur Roger Cousinet propose "une méthode de travail libre par groupes" (1943), effectif : observations, collections, travaux manuels, classement des connaissances acquises ; il cherche à établir un climat de confiance et de compréhension réciproque.
De nos jours, le sens de pédagogie renvoie davantage à la manière dont va se faire la formation d'un enfant qu'au contenu proprement dit de cette formation. Il s'agit tantôt des processus mis en œuvre dans l'acquisition de connaissances, tantôt de l'attitude et de l'action du pédagogue, de celui qui accompagne. C'est à partir de ces conceptions que se comprennent et se classent les différents courants de pédagogies. En ce sens, il s'agit des techniques mises en œuvre dans une action formative ou d'enseignement. Le mot technique englobant ici l'usage que le pédagogue fait de son premier outil : lui-même.
À partir de là, les principales voies qui s'ouvrent à l'élaboration d'une pédagogie sont de distinguer les savoirs instruits à un élève des savoirs construits par une personne. Les savoirs instruits sont reliés à la notion d'enseignement, alors que les savoirs construits font appel à l'autonomie de l'enfant. En ce sens, la pédagogie n'est pas uniquement l'œuvre de l'enseignant. Elle serait plutôt l'ensemble des moyens – consciemment mis en œuvre ou non – de la communauté éducative - les co-éducateurs. Ainsi, la famille, l'école, les centres de loisirs, les clubs, sont autant de sphères où l'enfant fréquente des « pédagogues ». C'est le débat qu'a lancé l'équipe des « Carrefours de l'éducation », à Perpignan, en octobre 2003.