Après la création de la première Libre école Waldorf, le mouvement pédagogique s'étend dans les années 1930 en Allemagne et dans plusieurs pays d'Europe. Après la seconde guerre mondiale, le mouvement continue de se développer en Europe de l'ouest puis s'étend en Amérique, Australie et dans des pays d’Afrique, devenant le plus grand réseau scolaire indépendant au monde. Ces dernières années, il s'est particulièrement développé dans les pays d'Europe de l'Est où il était précédemment interdit.
En 2008, on recense officiellement 965 écoles Waldorf dans le monde, dont 678 en Europe.
Heiner Ullrich résume une partie du débat ainsi :
D'après les écoles Steiner, l'anthroposophie n'est pas enseignée aux élèves, mais certaines personnes contredisent cela et font remarquer que dans ce type d'enseignement, tout est basé sur l'anthroposophie, depuis la formation des professeurs jusqu'au contenu des cours, et qu'inévitablement cette doctrine s'infiltre dans la classe : mais tout cela est dissimulé aux parents. Les croyances de Rudolf Steiner sont présentes dans toutes les activités de ces écoles. Selon Raphael Aron, cette pédagogie est basée sur un système spirituel et non sur un système éducatif. L'anthroposophie est critiquée comme une religion de type sectaire et comme une pseudo-science.
Au-delà du contenu explicite des prières et des rituels, l'anthroposophie est implicitement présente dans de nombreuses leçons, le plus évident étant en cours de sciences. Les écoles se présentent comme une éducation alternative, non sectaire, basée sur l'Art, multiculturelle et scientifique, mais certaines études critiques révèlent le contraire, ces écoles seraient le centre d'une initiation occulte où tous les aspects du curriculum sont enracinés dans l'anthroposophie, sa magie et ses rituels. Les contes de fées enseignés au cours des premières années sont en fait des paraboles occultes, les festivals sont des rituels conçus par Steiner avec une profonde signification ésotérique.
Dans certains manuels scolaires Waldorf, on retrouve de nombreuses idées pseudo-scientifiques venant de l'anthroposophie. Le schéma hiérarchique de Steiner sur l'évolution de l'Homme est subtilement incorporé dans le curriculum. Par exemple, en histoire, les élèves apprennent les anciens mythes religieux indiens, perses, égyptiens, gréco-romains et nordiques : des parents non informés pourraient interpréter cela comme du multiculturalisme, mais en réalité c'est une initiation dissimulée qui correspond à la doctrine de Steiner sur l'évolution spirituelle des aryens.
Conformément à la tradition occulte, les anthroposophes utilisent des mots courants dans un autre sens pour dissimuler aux parents leur signification ésotérique. Par exemple, les sermons deviennent des « lectures », la prière devient des « paroles », un occultiste devient un « scientifique », l'autel de la nature devient la « table de la nature », les pentagrames des étoiles — la réincarnation, selon Steiner (La Vraie Nature de l'Homme) — devient le « développement de l'enfant », etc. Pour l'anthroposophe occultiste, peu importe si les personnes comprennent ce qu'elles font ou pourquoi elles le font, du moment qu'elles le font. Les « paroles » du matin (ou les prières) à leur dieu solaire ne sont pas nécessairement choquantes pour les parents qui ne comprennent pas la signification de ces « paroles ».
Le rythme des apprentissages en pédagogie Steiner est dicté par les théories de Rudolf Steiner sur le développement de l'enfant, et demeure similaire quel que soit le système éducatif local. L'apprentissage de la lecture ne commence pas avant sept ans en pédagogie Waldorf alors que dans la plupart des systèmes éducatifs occidentaux, il est abordé à partir de six ans. Pour Steiner, l'idéal serait de retarder l'apprentissage de la lecture jusqu'à la puberté mais des compromis doivent être faits avec les demandes de la société. Selon les pays, cela peut conduire à un net décalage de certains enseignements par rapport au programme classique. Ce décalage par rapport au programme de l'éducation nationale est le point négatif le plus fréquemment mentionné par les anciens élèves.
Selon Dan Dugan de l'association People for Legal and Non-Sectarian Schools publié par l'International Cultic Studies Association, de nombreux professeurs font plus que ne pas enseigner la lecture au jardin d'enfant, ils font des efforts pour les protéger de l'exposition à tout texte écrit, par exemple les histoires sont racontées mais pas lues. Les critiques dénoncent cette infantilisation alors que des études ont montré que les enfants qui ne maîtrisaient pas la lecture dans les premières années scolaires étaient souvent laissés derrière pour le reste de leur vie. Steiner a beaucoup insisté sur le fait que stimuler intellectuellement les enfants trop tôt endommagerait leur santé, en conséquence des notions comme le lien de cause à effet ou le raisonnement, sont évitées avant l'âge de la puberté. Ainsi, les enfants sont laissés ouverts à l'acceptation du monde magique exprimé dans la mythologie dans laquelle ils sont immergés, que les esprits de la nature et les dieux sont derrière l'illusion du monde physique.
Selon une étude américaine, cette pédagogie devrait accepter de prendre en compte cinq grandes idées qui sont importantes dans le paradigme scientifique actuel : les atomes en physique, le tableau périodique des éléments en chimie, la théorie du big bang en astronomie, la tectonique des plaques en géologie et la théorie de l'évolution en biologie.
Selon Dan Dugan dans la revue Cultic Studies Review, les professeurs ne reçoivent aucune formation sur les sujets académiques de base ni sur comment gérer une classe, seule la dévotion pour l'anthroposophie compte. Le professeur principal conserve normalement sa classe pendant huit ans ce qui aboutit à une expérience extrêmement variable selon son talent. Comme il n'y a aucun examen et que les professeurs sont recrutés plus sur leur dévotion envers l'anthroposophie que leur capacité à apprendre, deux classes successives de la même école peuvent avoir des niveaux très différents.. Les nouveaux professeurs, s'ils veulent progresser et intégrer le collège des enseignants qui dirige l'école doivent d'abord s'engager dans l'anthroposophie, donc passer un test religieux.