Dame Jessica, tombe amoureuse de Leto, duc Atréides avec lequel elle est censée procréer pour continuer le plan de sélection génétique de son Ordre. Elle enfante un garçon, au lieu de la fille demandée. Le jeune Paul est élevé selon les méthodes des Révérendes Mères.
Lors des débuts des événements de Dune, Paul passe sa jeunesse sur Caladan, planète d’origine de son père et source de l’influence des Atréides. Il poursuit sa vie sur Arrakis, appelée Dune par ses habitants, lorsque son père la reçoit en fief de l’empereur Shaddam IV. Il prend part très jeune aux intrigues politiques complexes des grandes maisons, aux côtés de son père.
Gaius Helen Mohiam lui fait subir le test du Gom Jabbar, test d’endurance à la douleur physique qui doit déterminer son humanité, avant son départ, avec le reste de la Maison Atréides, pour Arrakis. Paul réussira et se souviendra de cette épreuve lorsqu’il imposera la sienne à la vieille Révérende Mère et à l’Empire tout entier. Dès lors, le Bene Gesserit le soupçonne déjà d’être le Kwisatz Haderach, l’aboutissement ultime du programme génétique, à cause de ses aptitudes physiques de très haut niveau.
À l’assassinat de son père, lors du complot mis en place par les Harkonnens avec la complicité de Shaddam IV, il se réfugie avec sa mère chez les Fremen. Sa mère, enceinte d’une fille, boit de l’eau de vie d’épice lors d’une orgie Tau Fremen. Ce qui lui permet d’accéder à la totalité des mémoires de ses ancêtres, et éveille la conscience du fœtus qu’elle porte. La sœur de Paul nait donc avec la personnalité d’une femme portant l’expérience des membres de son arbre généalogique, dont le baron Vladimir Harkonnen son grand père. Paul, qui affirme ses dons de Mentat et commence à manifester sa Prescience, prend le nom d’Usul pour le sietch Tabr et de Muad'Dib pour tous les Fremen.
La souris du désert (Muad'Dib) devient le mahdi et le pilier (Usul) des Fremen, leur guide, identifié au messie attendu.
Après douze ans de Jihad, Le Messie de Dune a enfin deux jumeaux de sa concubine Fremen Chani : Leto (portant le même prénom que le premier fils assassiné de Paul) et Ghanima. Chani meurt à leur naissance et Paul, aveugle à cause des radiations d’un brûle-pierre, utilisé contre lui lors d’un attentat, part seul dans le désert selon la tradition Fremen. La régence est assumée par la tante des jumeaux, Alia, qui dérivera vers une dictature religieuse.
Paul réapparait sous la forme du prêcheur dans Les Enfants de Dune, appelant à la révolte dans la capitale Arrakeen contre les excès du culte de sa personne instillé par sa sœur. Il est finalement tué après avoir été retrouvé par son fils Leto, qui reprend alors le pouvoir des mains d’Alia.
Paul ainsi que ses enfants, est prescient, c’est-à-dire qu’il sait lire l’avenir. C’est ce qui lui permettra de vaincre ses ennemis mais c’est aussi ce qui amènera sa perte lorsqu’il refusera d’assumer la responsabilité du Sentier d'Or. C’est son fils qui poursuivra finalement cette voie.
Paul revient en tant que ghola dans Les Chasseurs de Dune et Le Triomphe de Dune, de Kevin J. Anderson et Brian Herbert, dans le non-vaisseau de Duncan Idaho et Sheana cherchant à échapper au mystérieux ennemi, à l’issue de ce Sentier.