La Caserne Ruty, située avenue Gaulard au centre-ville. Elle fut aménagée à partir du XVIIIe siècle pour accueillir les soldats de la ville. Baptisée caserne Saint-Paul, elle prit par la suite le nom de « Charles-Étienne-François Ruty » (caserne Ruty), un militaire né à Besançon à la même époque. Aujourd'hui ce monument est la principale zone militaire de la ville, et fut récemment restauré (en 2008).
la Caserne Joffre, située dans le quartier de la Grette. Elle porte le nom de Joseph Joffre, un officier militaire durant la Première Guerre mondiale.
La Caserne Brun, également située dans le quartier de la Grette.
Les casernes du Quai Vauban, aujourd'hui réhabilitées en immeubles cossus.
Portes
L'histoire des portes de Besançon débuta à la construction de la première d'entre elles, à l’Époque romaine et prit une toute autre tournure, quand elles furent menacées de destruction. Il y eut alors une longue bataille contre leur démolition, à la fin du XIXe siècle entre élus et habitants. À cette époque, la ville s'urbanise à grande vitesse, et même la Porte Rivotte était sur la liste des monuments à abattre. Par « chance » seules 5 portes (sur 7) furent détruites, les autres conservées et classées aux monuments historiques. Un grand nombre d'autres « petites » portes furent détruites ou sont encore aujourd'hui debout, mais elles ne sont pas d'un intérêt notable.
la Porte Noire, construite entre 171 et 175 est située près de la Cathédrale Saint-Jean. Elle est aujourd'hui en phase de restauration complète, après de multiples dommages subis notamment à cause de la pollution, et de l'érosion.
La Porte Rivotte, située comme son nom l'indique dans le quartier de Rivotte. Elle fut construite au XVIe siècle sous l'ordre de Charles Quint, retravaillée et modifiée maintes fois jusqu'à aujourd'hui.
La Porte Taillée, ouverte dans un éperon rocheux, est l'œuvre des Romains. Elle marque l'entrée de la ville sur la route de la Suisse. Elle est surmontée d'un corps de garde et d'une tour de guet construits.
La Porte de Battant (nommée porte du Rhin à la Révolution), était une imposante porte située dans le quartier de Battant et fut détruite en 1956.
La Porte de Malpas, existait au moins depuis le XIIe siècle. Sur les photographies datant d'avant sa démolition (1893) on pense que l'édifice fut reconstruit vers 1546, d'après certaines caractéristiques architecturales. La porte était située sur l'actuelle Route nationale 83, entre Tarragnoz et Velotte et fut détruite en 1893 pour permettre la création d'une voie plus large reliant les deux secteurs. Il ne reste aujourd'hui que quelques photographies de cet édifice.
La Porte de Charmont, dont on ne sait presque rien, à part qu'elle fut détruite à la fin du XIXe siècle comme une grande partie du patrimoine architectural.
La Porte Notre-Dame, elle aussi détruite durant l'expansion de Besançon, à la fin du XIXe siècle.
La Porte d'Arènes, située à Battant et détruite après la guerre.