L'origine du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) serait simienne selon la théorie la plus communément admise par la communauté scientifique, basée sur l'analyse phylogénétique des lentivirus (famille à laquelle appartient le VIH), qui lie les deux types de VIH (VIH-1 et VIH-2) avec le virus d'immunodéficience simien (VIS), virus qui est également la cause chez les singes d'un syndrome d'immunodéficience, au même titre que celui du sida chez l'Homme.
Selon plusieurs études, le passage du singe à l'Homme aurait eu lieu durant la fin du XIXe siècle ou au début du XXe siècle.
Les deux types de VIH (VIH-1 et VIH-2) infectant l'espèce humaine dérivent des virus de l'immunodéficience simienne (VIS), équivalents simiens des VIH. Ainsi, certaines souches de VIH-2 sont impossibles à distinguer des souches VIS retrouvées chez les mangabeys de l'Ouest Africain et il existe une superposition parfaite des zones d'épidémies humaines et simiennes pour le VIH-2. En 1990, une équipe suggérait que le VIH-1 avait pour origine les populations de chimpanzés, se basant sur l'organisation identique des génomes des souches VIH-1 et des VIS retrouvées chez les chimpanzés. En 1999, l'origine simienne des souches humaines de VIH-1 était confirmée par la mise en évidence chez des patients camerounais de souches extrêmement proches des VIS circulant chez les chimpanzés de la même région.
L'analyse phylogénétique des lentivirus a confirmé le lien entre le VIS et le VIH. Cependant, les deux types de VIH (VIH-1 et VIH-2) sont assez éloignés l'un de l'autre ; et, alors que le VIH-1 est proche du VIScpz (infectant une sous-espèce de chimpanzés dits Pan troglodyte troglodyte), le VIH-2 est plus proche des VISsmm (infectant les mangabeys enfumés) et des VISmac (infectant les macaques). Ainsi, le VIH serait issu de deux introductions séparées, une pour le VIH-1 et une autre pour le VIH-2.
L'infection par le VIH doit être considérée comme une zoonose, au même titre que d'autres maladies virales. Le réservoir de VIS est particulièrement important : on a recensé dix-huit espèces de singes infectés par des virus très différents sur le plan génomique et antigénique, ce qui implique que de nouvelles souches pourraient infecter l'espèce humaine.
Le passage des différentes souches de VIS, du singe à l'Homme, peut être expliqué par le fait que les singes sont souvent capturés pour servir de gibier ou d'animal de compagnie, et des expositions à du sang contaminé, lors de morsures ou par blessures lors du dépeçage des animaux peuvent expliquer comment ces virus ont infecté l'homme.
Bien que généralement létal pour les virus, le franchissement de la barrière des espèces, s'il réussit, peut permettre au virus de muter et ainsi s'adapter à son nouvel hôte.
La datation du franchissement de la barrière des espèces n'est pas clairement définie, mais plusieurs études font remonter l'apparition du VIH au début du XXe siècle, voire avant, entre 1884 et 1924.
En 1992, un groupe de scientifiques, à travers un article de Tom Curtis, propose une théorie selon laquelle le passage du VIS à l'Homme aurait pour origine une campagne de vaccination anti-polio pratiquée en République démocratique du Congo, ancienne colonie belge appelée Congo belge à l'époque. Cette dernière théorie, documentée et ayant fait l'objet de recherches, n'a jamais été acceptée par la communauté scientifique.
Edward Hooper reprend cette thèse et l'étaye en recueillant documents et témoignages sur le terrain. Son travail est soutenu par le biologiste Bill Hamilton, qui l'accompagne au Congo pour recueillir des données. À l'issue de ces recherches, le livre The River, A Journey to the Source of HIV and AIDS est publié, auquel fera suite le documentaire Les origines du sida.
La thèse d'Edward Hooper s'appuie sur la proximité des premiers cas de sida avec les zones de vaccination intensive, ainsi que sur l'utilisation de reins de singes pour la production de vaccins. Le passage du VIS à l'Homme, par mutation pour donner le VIH, serait, selon l'enquête d'Hooper, venu de l'utilisation de chimpanzés, notamment dans le laboratoire de Stanleyville, où une ménagerie a accueilli près de 600 chimpanzés entre 1957 et 1960.
L'hypothèse d'une contamination dans ce laboratoire est essentielle de ce point de vue, car un échantillon du vaccin d'origine a été testé négativement, entretemps. Par ailleurs, lorsque la communauté scientifique avance que d'autres régions du monde ont bénéficié de ce vaccin sans connaître l'épidémie naissant dans l'ex-Congo belge au début des années 1980, Edward Hooper propose de mettre à l'épreuve certaines de ses hypothèses sur le cheminement des différentes souches de virus, en prenant en compte le contexte historique, notamment aux États-Unis, à Haïti, et en Allemagne de l'Ouest. De façon générale, la spécificité de la campagne de vaccination menée par Hilary Koprowski, au Congo belge, sur un million d'Africains, se trouve dans son utilisation du chimpanzé au mépris de toute considération sanitaire, selon l'enquête du journaliste.
Selon les tenants de cette hypothèse, la théorie d'une transmission accidentelle du singe à l'Homme, au cours d'une chasse, n'explique ni pourquoi cette maladie est apparue soudainement alors que le singe est chassé en Afrique depuis des milliers d'années sans apparition de virus, ni la simultanéité de l'apparition des cas contaminés.
Cette explication est réfutée par la communauté scientifique. notamment par le biais d'une étude parue dans la revue Nature en 2004, qui écarte catégoriquement cette hypothèse. Hooper a répondu à cette étude par plusieurs communiqués dénonçant les conflits d'intérêts des intéressés dans ce domaine.
Réalisée dans le cadre de la controverse, l'étude de Bette Korber remet en cause la date de l'apparition, mais son équipe a reconnu que leurs travaux ne permettaient pas de remettre définitivement en cause le scénario décrit par Hooper. Pour que ce scénario soit valable selon eux, le vaccin anti-polio aurait dû produire neuf versions génétiquement distinctes du VIH, ce qui a été estimé impossible. Pour sa part, Hooper reste certain que son hypothèse est correcte et que la campagne de vaccination à grande échelle a pu produire de multiples versions du VIH. Gerry Myers, travaillant tout comme Bette Korber à Los Alamos, juge que les données produites ne permettent en rien de trancher et que la conclusion de Korber « n'est qu'un pur jugement ».
L'Homme ayant vécu avec le singe à ses côtés depuis toujours et ce dernier étant porteur du SIV depuis au moins plusieurs milliers d'années, la question se pose des raisons qui ont fait que la large diffusion du VIH n'a eu lieu qu'au XXe siècle (que cela soit pour le VIH-1 ou le VIH-2).
Les hypothèses avancées sont que les VIS ne seraient pas particulièrement adaptés à l'espèce humaine et que les éventuelles contaminations survenues par le passé seraient restées isolées faute de conditions épidémiologiques suffisamment favorables à la diffusion de ces virus dans notre espèce. Ainsi l'isolement dû à l'absence de moyens de transport modernes (tels que la voiture, le bus ou encore l'avion) et l'absence de développement de villes importantes auraient empêché le VIH de se propager.
Mais au cours du XXe siècle, l'apparition de techniques médicales comme des injections ou des transfusions sanguines aurait favorisé la pénétration et la diffusion des VIS chez l'homme.
L'origine de l'épidémie, devenue par la suite une véritable pandémie, est expliquée par le développement de l'urbanisation, la paupérisation, la prostitution, les déplacements de populations, les changements de comportement sexuel et l'apparition des drogues injectables.
Le premier signe documenté d'infection par le VIH chez l'Homme remonte à 1959, année où une prise de sang est effectuée sur un homme à Léopoldville (l'actuelle Kinshasa), dans le Congo belge. Suivent alors plusieurs patients atteints de maladies rares (notamment la maladie de Kaposi), aujourd'hui considérées comme maladies opportunistes dans les cas d'infections par le VIH. Des tests VIH ont par la suite confirmé la présence du virus.
En 1969, aux États-Unis, un adolescent de quinze ans meurt à l'hôpital de Saint-Louis (Missouri) d'une forme particulièrement violente de maladie de Kaposi. Un test VIH est effectué en 1987 par des chercheurs de l'université Tulane qui détectent la présence du VIH-1 dans le sang de l'adolescent, confirmant ainsi les soupçons apparus dès 1984. Lors de son entretien avec les médecins, le garçon avait déclaré être né à Saint-Louis et n'avoir jamais voyagé ou reçu de transfusion sanguine. Les médecins soupçonnaient le garçon d'être un prostitué, ce qui soutiendrait la thèse d'une contamination sexuelle et impliquerait l'existence d'un cas préalable aux États-Unis.
En 1976, un matelot norvégien, sa femme et leur fille de neuf ans meurent des suites du sida. Le matelot avait présenté les premiers signes d'infections dès 1966, soit quatre ans après avoir séjourné dans des ports le long des côtes de l'Afrique de l'Ouest.
En 1977, un chirurgien danois, le docteur Grethe Rask, décède des suites du sida, après avoir séjourné au Congo dans les années 1970.
C'est le 5 juin 1981 que commence officiellement l'épidémie de Sida, lorsque le CDC note dans sa revue Morbidity and Mortality Weekly Report une recrudescence de cas de pneumocystose chez cinq hommes homosexuels à Los Angeles. Dans les mois qui suivent, de plus en plus de cas sont recensés dans plusieurs autres villes du pays et il est noté chez plusieurs de ces personnes un état d'immunodépression.
En raison du fait que nombre de patients ont eu de nombreuses relations sexuelles, il est suggéré en juin 1982 qu'un agent infectieux transmis sexuellement pourrait être la cause de cette immunodépression, mais rien n'est vraiment sûr à ce moment.
Comme les premiers malades sont exclusivement homosexuels, le syndrome est appelé par certains le gay-related immunodeficiency disease (GRID), mais les autorités sanitaires se rendent compte rapidement que d'autres personnes sont touchées, comme les hémophiles, les usagers de drogues par injection intraveineuse hétérosexuels, ou encore des immigrants haïtiens.
En vu d'abandonner cette dénomination erronée, le CDC créé le terme Acquired immune deficiency syndrome (AIDS), qui est ensuite traduit dans d'autres langues :
La découverte en 1983 de l'agent infectieux, le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), marque le début de la recherche sur ce virus qui en décembre 2007 est la cause de la contamination de plus de 30 millions de personnes depuis la découverte du Sida en 1981.