L'introduction de la biotechnologie représentée par les OGM a rencontré des résistances et des oppositions qui n'ont pas cessé d'alimenter le débat public à partir de la fin des années 1990. L'intensité de cette opposition, qu'elle soit exprimée dans les populations concernées par la consommation de produits issus de cette technologie ou par des chercheurs et scientifiques, est variable selon les pays considérés. Echaudés par des crises sanitaires comme celle de la vache folle, les pouvoirs publics ont, au moins en Europe, cherché à répondre aux inquiétudes exprimées par leurs opinions publiques en proposant moratoires et réglementations censées permettre une coexistence des cultures traditionnelles et des cultures OGM. Cependant, considérant que le risque de dissémination est réel, les mouvements anti-OGM continuent en conséquence leur lutte, incarnée et symbolisée en France par le mouvement des « faucheurs volontaires ».
Fruits du génie génétique, les OGM sont présentés par ses promoteurs comme un remède aux problèmes alimentaires mondiaux notamment par leurs capacités à s'affranchir ou s'accommoder de conditions de culture difficiles et à offrir de meilleurs rendements. Ils permettraient aussi de diminuer en partie l'usage de pesticides sur les cultures. Malgré l'assentiment des instances scientifiques internationales qui énonce que les OGM actuellement autorisés à la production et à l'alimentation ne posent pas de problèmes sanitaires et écologiques, des chercheurs regrettent, outre le manque de recul face à l'impact potentiel de ces produits sur la santé humaine et sur l'environnement, l'insuffisance « des rares études disponibles (qui) ne pouvaient pas être considérées comme validées sur le plan scientifique » et l'inadéquation de ces études avec ce qu'elles seraient amenées à démontrer, c'est à dire leur innocuité alimentaire ou environementale. Ainsi, alors que la grande majorité des pgm cultivées en ce moment dans le monde sont des « plantes à pesticides », c’est-à-dire qu’elles produisent un insecticide comme dans le cas du Mon863 et du Mon810, ou qu’elles tolèrent un désherbant comme dans le cas du NK 603, elle ne sont pas testées en tant que telles. Dans le rapport qu' elle a remis à Jean-Louis Borloo sur l’expertise et l’information environnementale, Corinne Lepage regrette le "manque d'esprit critique" de l' EFSA "qui ne pose pas la problématique des cahiers des charges sur lesquels reposent les expertises en tout cas dans le domaine des biotechnologies.
Les promoteurs des pgm et des chercheurs qui mettent au point ces techniques considèrent qu'il ne s'agit que de prolonger l'action de l'homme qui, dans sa maîtrise progressive de l'agriculture et de l'élevage au cours de son évolution, a toujours cherché à sélectionner et croiser les espèces employées. Il s'agit à leurs yeux d'un progrès de la science pour la maîtrise de son environnement par l'homme. Leurs opposants considèrent qu'un OGM se distingue radicalement d'autres organismes qui bien que modifiés dans leur patrimoine génétique ne le sont pas par opération de génie génétique. Les techniques employées transforment et combinent l'information génétique des organismes au-delà de la barrière des espèces.
Sur le plan éthique, le développement des OGM entre dans le cadre de la controverse autour de la brevetabilité du vivant. Le dépôt de brevets par les grands groupes industriels du secteur qui leur confère des droits exclusifs sur une partie du patrimoine génétique est très critiqué, au-delà des cercles anti-OGM. Les opposants aux OGM redoutent une mainmise de plus en plus grande de l'industrie agro-alimentaire sur le bien commun universel que représentent pour l'agriculture les espèces naturelles.
Sur le plan économique, l’International Service for the Acquisition of Agri-biotech Applications (ISAAA), organisation spécialisée dans le développement des OGM dans les pays en voie de développement, estime que la richesse créée en 2005 par les OGM pour les agriculteurs est un gain d'environ 4%, et que les prix devraient être portés vers le bas comme c'est déjà le cas pour le soja. Pour les partisans d'une agriculture paysanne, et dans le contexte d'une promotion de l'agriculture biologique, la culture des OGM apparait comme le dernier atout d'une agriculture industrielle. Ils voient dans le développement des OGM le renforcement de l'emprise de l'industrie agroalimentaire sur l'agriculture mondiale qui selon eux s'oppose en partie au développement de la souveraineté alimentaire dans les pays dont la production agricole est principalement destinée à l'exportation. Par ailleurs, de nombreux pays d'Afrique (parmi les exceptions figurent l'Afrique du Sud, l'Égypte et le Burkina Faso, pays producteurs d'OGM) ont eux-mêmes vivement dénoncé dans un communiqué en juin 1998 l'utilisation qui était faite, par la firme Monsanto, de leur image et de la pauvreté afin de contribuer à promouvoir les OGM dans les pays industrialisés. Ils dénonçaient alors notamment que « les images de pauvreté et de faim dans nos pays soient utilisés par des multinationales afin de promouvoir une technologie qui n'est ni saine, ni respecteuse de l'environnement et ne nous bénéficie en rien ».