Les populations d’oiseaux d’eau (hivernants ou non) sont soumises à des fluctuations naturelles. Ces dernières sont difficiles à rapidement évaluer et parfois à expliquer, en raison des difficultés de comptage (brouillard, pluie, évaluation complexes des populations parfois très denses de limicoles ou des oiseaux de mer…), et de multiples facteurs qui les influencent ; mobilité des oiseaux qui peuvent déplacer certaines colonies, impact des aléas climatiques(vagues de froid, gel des étangs et plans d’eau, phénomènes El Nino), épidémies, pollutions (dont pollution lumineuse auquel plusieurs espèces sont particulièrement sensibles), et autres interactions avec l'Homme.
Les hommes utilisent depuis longtemps les oiseaux de mer pour connaitre la météo, et pour retrouver l'emplacement des terres. On pense que les polynésiens ont ainsi pu trouver les îles du Pacifique qu'ils habitent actuellement. Les oiseaux de mer ont, comme leurs œufs, également servi de repas. À l'occasion ils ont pu servir d'appât pour la pêche au gros. Ils ont aussi été une source de nourriture pour l'homme (oiseaux ou leurs œufs). Au début du XXe siècle, le guano, riche engrais issu des fientes d'oiseaux marins, est devenue une ressource convoitée et importante pour certains pays, comme l'Argentine.
Vers la fin du XIXe siècle, la mode des plumes était telle que l'activité, connue sous le nom de « plumasserie », avait acquis un statut industriel. En Amérique cinq millions d'oiseaux étaient tués annuellement pour cet usage. Les plumes des oiseaux de mer étaient particulièrement prisées en raison de leur résistance ; de ce fait, l'industrie de la plume a été considérée comme l'un des facteurs responsables du déclin des populations d'oiseaux marins dans bon nombre de régions de l'Atlantique Nord à cette époque. De tels chiffres mobilisèrent l'opinion publique et des mouvements anti-plume furent créés afin que seules les plumes d'oiseaux domestiques soient utilisées.
Les pêcheurs utilisent depuis des siècles les espèces marines dont les oiseaux pour localiser les bancs de poissons et le potentiels d'une côte. Les pratiques de pêche traditionnelle aux cormorans dans le sud-ouest de la Chine, où les hommes élèvent ces oiseaux pour qu'ils pêchent pour eux, est menacée de disparaitre et risque à l'avenir de n'être réduite, comme au Japon, qu'à une attraction touristique.
Les entreprises pratiquants l'aquaculture considèrent les oiseaux marins comme une nuisance, les oiseaux pouvant prélever une partie de leur stock. C'est également le cas des pêcheurs à la palangre. Cependant ils sont des bien moindre prédateurs que les autres espèces de poissons ou de mammifères marins.
La relation des côtiers-pêcheurs avec les oiseaux de mer est complexe, en effet ils profitent de la présence des oiseaux, mais certaines espèces ont également su tirer parti de la présence humaine. En effet, par exemple, elles consomment les poissons et les abats rejetés par les pêcheurs. On estime que 30% de la nourriture des oiseaux de mer vivant en mer du Nord est issue des rejet de pêche, ce qui peut représenter jusqu'à 70% du total des produits alimentaires de certains populations d'oiseaux. L'impact est positif sur certaines espèces d'oiseaux comme le Fulmar boréal qui vit plus au sud depuis quelques années, les fous de Bassan, les pétrels, mais se fait au détriment des espèces plongeuses comme les petits pingouins. Sur un long terme, on estime que la pêche est nuisible sur les espèces vivant particulièrement longtemps et à faible taux de reproduction, comme les Albatros.
Les prises accidentelles d'oiseaux marins par des lignes ou filets ont un impact important sur le nombre d'oiseaux de mer, par exemple, on estime que 100 000 albatros sont pris et noyés chaque année sur lignes de palangre aux thons. Plusieurs centaines de milliers d'oiseaux sont tués chaque année de cette manière, c'est problématique pour certaines espèces rares comme par exemple pour l'Albatros à queue courte dont il ne reste plus qu'environ 1000 spécimens connus.
La plupart des oiseaux de mer sont aujourd'hui protégés, cependant de nombreuses espèces sont fortement menacées, à la fois par la destruction de leur habitat sur les côtes, par la pêche ainsi environ 300 000 oiseaux seraient accidentellement pêchés à la palangre, mais aussi par la famine, les parents ne parvenant plus à nourrir correctement leurs petits vraisemblablement à cause de la surpêche.
Les espèces de mouettes et les goélands comme le goéland argenté, menacés en Europe dans les années 1970, ont été protégées sur le territoire. Aujourd'hui avec la multiplications des décharges à ciels ouvert plusieurs espèces ne sont plus menacées et ont même étendu leur territoire à l'intérieur des terres en hiver, en suivant les cours d'eau. À tel point que la population de certaines espèces comme le Goéland leucophée doit être limitée, notamment sur les côtes méditerranéennes pour diminuer l’impact de celle-ci sur l'environnement.
Le mode de nidification des oiseaux de mer (nids souvent posés à même le sol au sein de vastes colonies, sur des îles isolées) les rend très vulnérables aux intrusions humaines et à la prédation de leurs œufs par des espèces introduites par l'homme comme les rats, les chats harets ou les chiens marron. En effet, ces oiseaux ont perdu tout comportement instinctif de défense contre ce genre de prédation. En sus, des herbivores comme les chèvres, les lapins, bovidés peuvent détruire également la végétation essentielle aux oiseaux ou au maintien des sols. Les humains qui visitent les sites, perturbent également leur nidification, pouvant faire fuir les oiseaux qui laissent alors leurs nids sans protection.
L'influence exacte de la pollution de l'eau, contaminant le plancton puis les poissons est mal connue, mais les taux de produits chimiques dangereux accumulés dans leurs graisses, laissent penser que la santé des populations d'oiseaux marins en est fragilisée. Par exemple, le DDT crée des troubles du développement embryonnaire. Les pollutions exceptionnelles telles que les marées noires et dégazages peuvent engluer les oiseaux, réduisant la capacité de leurs plumes à les protéger du froid, leur capacité de mouvement et les empoisonnant par ingestion dès lors qu'ils tentent par réflexe de nettoyer leurs plumes. Ces oiseaux meurent alors entre autres de froid, d'insuffisance rénale, de déshydratation, d'hémolyse et d'hépatite.
La prise de conscience qu’il faut protéger les oiseaux est ancienne, puisque en 676 Cuthbert de Lindisfarne édicte ce qui pourrait bien être la première loi de protection des oiseaux sur les îles Farne. Alors que de nombreuses espèces sont disparues au XIXe siècle comme le Grand pingouin ou le Cormoran à lunette, le Canard du Labrador disparus dès 1875, c’est à la fin du siècle que sont apparues les premières lois sur la protection des oiseaux et la réglementation de la chasse ou du plomb de chasse (cause de saturnisme aviaire ayant tué de très nombreux oiseaux).
Ce n'est qu'à la fin du XXème siècle que la protection des oiseaux s'est accompagnée de celle d'une partie de leurs habitats (gestion conservatoire ou restauratoire des lagunes, estuaires, grandes vasières, sites d’hivernage, zones de reposoir...) et de leurs ressources alimentaires, avec une régulation du statut d'espèces chassables ou non sur des bases scientifiques ; avec différents accords ou conventions internationales