Une deuxième version de Cavil apparaît parmi les survivants de Caprica que Kara « Starbuck » Thrace réunit après une mission de sauvetage sur la planète. Pendant une attaque, les cylons cessent soudainement le feu et se retirent. Le Cavil de ce groupe annonce que les cylons ont quitté Caprica et les ont épargnés. Alors qu'ils ont rejoint la flotte, le chef Tyrol repère le deuxième Cavil débarquant d'un Rapace et prévient les gardes que c'est un cylon. Celui-ci reconnaît l'être, apportant un message pour leur chef. L'amiral Adama le fait jeter en prison. Pendant ce temps, le premier Cavil est arrêté et proteste de son innocence avec emphase jusqu'à ce qu'il voie son jumeau dans la prison. Il dit juste « Oh... okay alors... » et entre calmement dans la cellule.
Le deuxième Cavil délivre un message à Roslin annonçant que l'attaque des Douze Colonies par les cylons, ainsi que la poursuite de la Flotte Coloniale, étaient des erreurs. Il explique ensuite que deux héros cylons, le modèle Numéro Six connue sous le nom de Caprica Six et le Numéro Huit (Sharon Valerii – la copie en poste sur le Galactica qui avait tiré sur l'amiral Adama), les ont convaincus que la guerre était futile. Il affirme que bien que le cylons soient des machines, ils s'efforcent d'être les meilleures machines possible, et croient qu'ils s'élèveront un jour au-dessus de leurs créateurs. Leur première étape était de remplacer l'humanité et ils ont cru qu'ils pourraient y parvenir en déroutant la vie et en prenant la place des hommes. Ils ont toutefois convenu qu'ils n'étaient pas devenus meilleurs que ces créateurs qu'ils méprisent et offrent de surseoir au génocide, suggérant que l'Humain et le cylon aillent chacun leur chemin.
Adama et Roslin rejettent rageusement cette idée, déclarant qu'ils ne peuvent tout simplement pas partir au loin après que les cylons ont détruit leurs mondes d'origine. Adama demande aux deux Cavil si le nouveau plan vient de leur dieu, à quoi ils rétorquent qu' « il n'y a aucun Dieu », et que Dieu a été créé par l'homme primitif pour expliquer l'inexplicable, bien qu'ils reconnaissent que ni l'une ni l'autre position ne peut être prouvée. Malgré la sincérité apparente du message et l'offre de trêve, Roslin ordonne que les deux Cavil soient éjectés dans l'espace ; elle persifle qu'ils découvriront rapidement si leur dieu existe ou non.
Une observation faite par Sharon « Boomer » Valerii indique que Cavil est contre l'idée des cylons se reproduisant biologiquement, ce qui se comprend vu son manque de foi dans le dieu cylon, dont les commandements incluent « soyez féconds ».
Cavil est connu pour déclamer de façon sarcastique des dialogues associés aux stéréotypes de la science-fiction, tels que « amenez-moi à votre chef » et « nous venons en paix ».
On apprend l'histoire de John Cavil au cours de la quatrième saison. Il est le premier modèle humanoïde créé par les cinq derniers et les a aidés dans la conception des 7 autres. Cependant, aigri par sa ressemblance avec les humains qui, selon lui, le limite mentalement et physiquement, il se révolte contre ses créateurs. Il les abat et les envoie, après les avoir rendus amnésiques, sur les Douze Colonies afin qu'ils constatent la laideur de l'humanité et assistent à son extermination par les cylons. Personnage sadique, selon l'expression d'Ellen, il profite de l'amnésie des cinq derniers pour les faire souffrir, torturant le colonel Tigh et lui arrachant un œil, et en forçant Ellen à coucher avec lui.