Le microbiote est une nouvelle dénomination de la microflore.
Il s'agit de la population de micro-organismes vivant en accord avec son hôte Le génome du microbiote se dénomme microbiome. Un animal ou un végétal dont le microbiote est connu est dit gnotobiotique ( gnotos, « connu », biota, « biote »).
La science qui les étudie est la gnobiologie.
L'intestin d'un humain adulte abrite environ 1 kg de bactéries actives sur une surface développée d'environ 400 m2 (villosités et micro-villosités). Ce microbiote est constitué d'un nombre de micro-organismes de 10 à 100 fois plus élevé que le nombre de cellules de tout le corps. 90 % de la population totale d'un intestin est constituée d'environ 1000 espèces de bactéries mais plusieurs milliers d’espèces bactériennes différentes coexistent dans un tube digestif normal. La flore bactérienne est renouvelée en permanence, compensant une perte d'environ 100 milliards de bactéries par gramme de selles.
Certains auteurs suggèrent de considérer le microbiote en tant qu’entité ou qu’organe métabolique associé à l’organisme de leur porteur ; un organe composé d’un nombre d’organismes pouvant atteindre 1013 individus, dominés par des bactéries anaérobies, et pouvant inclure 500 à environ 1000 espèces dont le génome collectif est estimé contenir 100 fois plus de gènes que le génome humain.
Cet organe symbiote joue un rôle différent chez le bébé et l'adulte (il faut après la naissance deux mois environ pour que le microbiote soit mature). Il a 4 « fonctions » reconnues :
Le microbiote intestinal humain est à ce jour constitué de plus de 500 espèces différentes connues. Si chacun possède son propre microbiote, les chercheurs de l'INRA ont mis en évidence l'existence d'un petit nombre d'espèce partagée par tous qui constituerai le noyau phylogénétique du microbiote intestinal humain.
Chez l'adulte, le microbiote apparaît très stable au cours du temps (pour un individu donné et sur une période de 2 mois à 2 ans).
La diversité d’espèces du microbiote intestinal dominant est spécifique à chaque individu et le nombre d’espèces communes à plusieurs individus est très restreint (ou nul).
Trois groupes (ou phylas) dominent le microbiote humain ; les bacteroidetes, les firmicutes et les actinobacteria, mais il ne semble pas possible de définir un microbiote intestinal de l’espèce humaine par le profil d’espèces dominantes. En Europe, les microbiote diffère selon les régions chez les enfants, mais est plus uniforme chez les adultes et après 70 ans, de nouvelles espèces apparaissent dans le microbiote, peut être en raison d'une diminution de l'immunité face aux infections.
En 2008, le séquençage du génome du microbiote a été entamé via le projet Projet « Métagénome », suivi en France par l'INRA.